Что правда, то правда — поистине, действительно. Это фразеологизм. 

Корректно: В соответствии с частью 1 статьи 6 Федерального закона от 07.12.2011 № 416-ФЗ "О водоснабжении и водоотведении" организация водоснабжения населения (в том числе принятие мер по организации водоснабжения населения и/или водоотведения в случае невозможности исполнения организациями, осуществляющими горячее водоснабжение, холодное водоснабжение и/или водоотведение, своих обязательств) относится к полномочиям органов местного самоуправления.

Предлагаем: ...вправе выполнить работы, качество и характеристики которых более высокого уровня, чем качество и характеристики, предусмотренные...

Латиница считается достаточно сильным средством выделения, так что заключать в кавычки написанные латиницей слова излишне.

Союз а также придаёт добавочный характер последнему члену ряда. Указанная Вами формулировка предполагает отнесение к служебной информации ограниченного распространения несекретной информации двух типов: 1) такой, которая касается деятельности организаций и ограничения на распространение которой диктуются служебной необходимостью; 2) такой, которая поступила в организации и доступ к которой ограничен в соответствии с федеральными законами.

Пунктуация верна. Однако в третьем предложении, на наш взгляд, более подходящим знаком является тире. Однородные компоненты объявляет арестанта преступником и выносит смертный приговор по смыслу подчинены сочетанию идёт против своей совести, они показывают, что именно совершает прокуратор против совести. Эту смысловую подчиненность, пояснительный характер компонентов можно показать знаком тире.

Постановка знаков препинания при сочетании на самом деле зависит от его значения, позиции, функции в предложении. Так, если на самом деле относится к какому-то одному слову и выполняет функцию усилительной частицы, оно не выделяется запятыми: Далекие, чужеродные, словно на самом деле (= действительно) иноземцы, сидели за столом Анискин и Лука… (В. Липатов). Не выделяется оно и в том случае, если употребляется для противопоставления «внешнего» и «внутреннего»: Я ответил, что совершенно не пугаюсь. Но на самом деле (= в действительности) мне было и страшно и обидно за нашу Землю (К. Паустовский). Если сочетание на самом деле относится ко всему предложению и имеет значение «собственно говоря, в самом деле», то оно выделяется запятыми как вводное: Что еще, на самом деле, человеку надо? (А. и Б. Стругацкие). 

Исследователи отмечают, что в современной устной речи сочетание на самом деле имеет нечеткое значение, которое трудно соотнести со значениями, приводимыми в справочниках и словарях, и часто служит заполнителем вступительной паузы, во время которой говорящий подбирает слова. Е. Ю. Викторова в своей статье приводит примеры из телепрограмм: Я хочу себя изменить. На самом деле я не знаю, как это сделать (Модный приговор. 27.09.2013); На самом деле, просто нет слов, очень неожиданно для нас (Ледниковый период. 29.12.2013) и др. Есть основания полагать, что в приведенном Вами примере как раз такое употребление сочетания на самом деле. Его пунктуационное оформление в этом случае неустойчиво, однако, поскольку «примеры из художественной литературы показывают, что слова «на самом деле» в подавляющем большинстве случаев не обособляются» (см. наш «Справочник по пунктуации»), мы бы не рекомендовали выделять его запятыми.