Основным принципом русской пунктуации является грамматический (формально-грамматический, синтаксический, структурный). Это значит, что знаки препинания в первую очередь отражают синтаксическую структуру высказывания. Интонационный принцип, согласно которому учитывается наличие в речи пауз, подчинен грамматическому: он может быть реализован в тех случаях, когда не противоречит основному. Если в обсуждаемом высказывании требуется подчеркнуть наличие паузы, его следует разбить на два самостоятельных предложения: Она дура? Или притворяется?

Какое правило Вы имеете в виду? Как правило, не пишется раздельно с относительными прилагательными, придавая отрицание выражаемому ими признаку, например: часы не золотые, мед не липовый, небо здесь не южное. Из качественных прилагательных сюда относятся прилагательные, которые обозначают цвет и которые в сочетании с не не образуют слов с противоположным значением, например: краска не синяя, переплет не желтый, оттенок не серый.

В то время, когда существовал этот орган, в его наименовании все слова писались с прописной: Совет Народных Комиссаров. Но сейчас нормативно: Совет народных комиссаров. Поэтому, если речь идет, например, о современной книге по истории СССР, корректно придерживаться современного написания, если нужна имитация орфографии тех лет, – исторического написания.

Слово декрет пишется с прописной только как первое слово официального названия документа, напр.: Декрет о мире, Декрет о земле.

Названия такого типа (реальные собственные имена) заключаются в кавычки только в тех случаях, когда они употребляются в сочетании с родовым наименованием (чаще всего – обозначением организационно-правовой формы). Ср.: Московский городской педагогический университет и ГБОУ ВПО «Московский городской педагогический университет». Название Российский фонд прямых инвестиций пишется без кавычек, но если оно употребляется в сочетании с родовым словом, то кавычки нужны. См. подробнее: Как правильно употреблять кавычки (часть вторая).

Да, это словосочетание корректно.
См., например: И если хоть кто-то из тех бритоголовых моих сверстников сумел, отбыв срок, каким-то могучим усилием характера противостоять инерции своей судьбы и выбраться на орбиту человеческой жизни, я льщу себя мыслью, что, может быть, та давняя капля, тот мой наивный концерт тихой тенью сопутствовал благородным усилиям этой неприкаянной души... [Дина Рубина. Концерт по путевке «Общества книголюбов» (1986)]. 

Указание на то, что букву ё необходимо писать в случаях, "когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова", можно трактовать двояко: 1) букву ё необходимо писать во всех случаях употребления местоимения всё в отличие от все; 2) букву ё необходимо писать лишь в тех случаях, когда значение слова может быть непонятно из контекста. Разные лингвисты могут придерживаться одной из этих трактовок. 

Железо в значении 'аппаратные средства компьютера (в отличие от программных средств)' – разговорное слово, к тому же более характерное для речи тех, кто профессионально связан с компьютерной техникой. Кавычки уместны при употреблении этого слова в другом стиле (например, в публицистике), особенно если среди читателей текста могут быть люди, которым эта тема не близка. Если текст «для своих» и допускает употребление разговорных слов, вполне можно обойтись без кавычек.

Да, всё именно так. Сергей любил Наташу, и он не мог без нее жить – сложносочиненное предложение, запятая нужна. Запятая ставится перед союзом и даже в тех случаях, когда он присоединяет предложение, в котором подлежащее выражено личным местоимением, относящимся к подлежащему первой части или повторяющим его. Сергей любил Наташу и не мог без нее жить – простое предложение, союз и соединяет однородные сказуемые, запятая не нужна.