Правильно: Федерация бокса России (в том числе в середине предложения).
Мужская фамилия Беженар склоняется, женская – нет.
Фамилии, оканчивающиеся на -ых, их, не склоняются (ни мужские, ни женские). Это единственный тип фамилий, оканчивающихся на согласный, которые не склоняются, даже если относятся к мужчине.
Корректно: Я малыш-щенок.
Корректно: 20 лет служения милосердию.
В предложениях такого типа никакие знаки не нужны. Однако при желании интонационно разделить предложение на две части можно поставить тире.
Возможны варианты пунктуации: Уже более двух лет прошло, с тех пор как я покинул этот город и Уже более двух лет прошло с тех пор, как я покинул этот город. В данном случае место запятой зависит от того, где автор хочет поставить логическое ударение. Подробнее о пунктуации в предложениях с составными подчинительными союзами читайте в «Справочнике по пунктуации».