Примеры, аналогичные приведенному, отсутствуют в справочниках по пунктуации. Можно рекомендовать вариант: «Вот до какой степени... — Матушка-настоятельница постучала по столу. — ...они жаждут новой жизни».

Действительно, в данном случае возможны обе трактовки слов автора: 1) как отдельного предложения (и тогда верно их написание с прописной буквы), 2) как сочетания с глаголом, вводящим прямую речь (глагол грозить, обозначающий жест, вполне может использоваться как заменитель глагола речи). Согласимся, что первая трактовка уместна, если слова и жест не одновременны, а вторая — если одновременны. Заметим при этом, что во втором случае нужно изменить порядок слов, выдвинув глагол в начальную позицию:

— Следи-ка за братиком повнимательнее, он уж больно заинтересованно на утюг смотрит, — грозит пальцем мама Наташе.

Если перед закрывающими кавычками стоит вопросительный или восклицательный знак, то после кавычек он не повторяется, например: Слышали ли вы вопрос «А предложение „Поэтому — две тысячи рублей“ — это эллиптическое предложение?»

Сравнительный оборот с сочетанием как и обособляется: Поэтому, как и вчера, — две тысячи рублей. Предложение Поэтому — две тысячи рублей невозможно назвать эллиптическим, так как в нем пропущено не только сказуемое, сравним: Поэтому [вы должны заплатить] две тысячи рублей; Поэтому [я принесу вам] две тысячи рублей. Это контекстуально неполное предложение.

В этом случае обозначение года грамматически автономно по отношению к остальной части предложения (сравним: В 1964 году университет был награжден грамотой...), что открывает вариативность оформления приведенных конструкций.

Предпочтительность знака зависит от общего контекста приведенных предложений. Например, для передачи быстрой смены ситуаций уместно тире: События развивались быстро: 1964 год — университет был награжден грамотой за выдающиеся заслуги в области науки и техники; 1970 год — университет передислоцируется в другой город, чтобы продолжать подготовку кадров.

Для оформления хроники событий, без какого-либо дополнительного художественного задания, нужно поставить двоеточие либо точку:

1964 год: университет был награжден грамотой за выдающиеся заслуги в области науки и техники.
1970 год: университет передислоцируется в другой город, чтобы продолжать подготовку кадров.

1964 год. Университет был награжден грамотой за выдающиеся заслуги в области науки и техники.
1970 год. Университет передислоцируется в другой город, чтобы продолжать подготовку кадров.

В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

Запятая нужна: она отделяет причастный оборот от определяемого слова, расположенного перед ним.

Для постановки этих запятых нет оснований.

Знаки, поставленные по «школьным» правилам пунктуации, могут влиять на смысл предложения, сравним, например, пары: Я сделал это, так как мне приказали. — Я сделал это так, как мне приказали; Статья может быть напечатана. — Статья, может быть, напечатана.

Постановка запятой не зависит от положения этого сочетания в предложении.