Правильно: во исполнение программы сделать что-либо (=сделать для исполнения). Но: в исполнение программы верится с трудом.
Оба варианта возможны; уточняющие сведения содержатся в словарях.
В значении "после подписания, после выполнения" правилен первый вариант. Второй вариант верен, но в другом контексте.
Слово департамент может употребляться как с предлогом, так и без предлога.
Запятая не нужна. Не знаем и не будем – однородные сказуемые.
Верно: В отсутствие у клиента необходимого опыта сервер без администрирования достаточно сложен...
Если ударение падает на окончание (Черныша, Чернышу...), то форма творительного падежа: Чернышом. Если ударение не падает на окончание (Черныша, Чернышу...), то форма творительного падежа: Чернышем.
Знаки препинания расставлены верно.