Запятую надо поставить после скобок. Руководствуемся правилом, сформулированным в справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация»: знаки препинания, которые стоят на месте «разрыва» предложения вставной конструкцией, выделяемой скобками, помещаются после скобок. Ср. пример из справочника: У Саввы, пастуха (он барских пас овец), вдруг убывать овечки стали – обособленное приложение пастуха, но запятая ставится только после вставного предложения.

Можем предположить, что запрещается буксировка механических транспортных средств любыми транспортными средствами (легковой автомобиль, мотоцикл, грузовой автомобиль, трактор и т. д.), — исходя из того, что это расшифровка знака "Движение с прицепом запрещено", а в данном случае буксируемое транспортное средство можно рассматривать как прицеп вне зависимости от того, какое транспортное средство является буксирующим. 

В письменной речи такие предложения нежелательны. Нужно не расставлять в них знаки, а перестроить их. Возможны разные варианты, например:

Существует вещество, которое очищает воздух. 

Существует вещество, которое добавляют в воздух, в результате чего он очищается.

Если непременно нужно записать приведенные Вами разговорные фразы без изменений, то лучше перед союзами и поставить вместо запятых тире.

1. Корректно: Генеральный секретарь ООН, Генеральная Ассамблея ООН, президиум центрального совета партии «...», свердловское региональное отделение партии «...». 2. Сочетание выбыть из борьбы корректно. 3. Дополнительные знаки препинания не требуются, оформление верно. 4. Это пояснительный член предложения, второе тире нужно: За 11 месяцев 2006 г. самый высокий рост стоимости квадратного метра —- 103,97 % -- продемонстрировали...

В предложении — ряд однородных подлежащих с обобщающим словом (цветы: колокольчики и герберы). Цветка под названием гербарий я не знаю, поэтому заменил это слово на герберы.

При большом желании можно интерпретировать колокольчики и герберы как приложения к подлежащему цветы, но в таком случае должно быть не двоеточие, а тире. Квалификация этих компонентов как определений исключена.

В литературном языке слово мышь является словом женского рода — эта мышь. Как слово мужского рода слово мыш широко распространено в диалектах — этот мыш, этого мыша́. Оно же может использоваться в речи носителей литературного языка как элемент языковой игры или в художественных текстах как стилистическое средство. В этом случае оно пишется без мягкого знака.

В этих предложениях чем является союзом. Союзное слово чем — это относительное местоимение что в форме творительного падежа. При перестройке предложения оно может быть заменено местоимениями других разрядов, например вопросительным или указательным: Я знаю, чем ты занимаешься (ср.: Чем ты занимаешься?); Ты ушла, чем меня очень расстроила (ср.: Ты ушла и этим меня очень расстроила).

Ваш вопрос о различиях между тире и дефисом в конструкциях человек-оркестр и человек – природа? Это разные конструкции, поэтому и разные знаки.

Сочетания с приложением пишутся через дефис: Он настоящий человек-оркестр (приложение – это определение, выраженное существительным: человек какой?). Тире ставится между существительными, сочетание которых выполняет определительную функцию при другом имени существительном, напр.: система (какая?) человек – машина, взаимоотношения (какие?) человек – природа.

1. Междометие о не отделяется запятой от последующего слова в сочетаниях с обращениями. Верно: Я же, о Перс, говорить...

2. Запятая между частями сложноподчиненного предложения не ставится, если придаточная часть усечена до одного союзного слова (одиночно употребленное союзное слово теряет функцию придаточного предложения). Знаки препинания перед почему не требуются. Возможна постановка интонационного тире по решению автора.