Вы правы, двоеточие в этом случае представляет собой предписанный знак пунктуации, по ГОСТу перед ним ставится пробел. Ответ № 327432 исправлен.

Если вопрос представляет собой цитату из текста, то уместно его оформление как цитаты: Автор размышляет над вопросом: «Кто такой обыватель?» В других случаях возможны варианты: 1) Автор размышляет над вопросом: кто такой обыватель? 2) Автор размышляет над вопросом, кто такой обыватель.

Оба варианта возможны, выбор зависит от интонации и скорости произнесения повторяющихся слов (более размеренная — в первом случае, более быстрая — во втором).

С числительными, оканчивающимися на 1, сказуемое употребляется в единственном числе: учтено 2 121 месторождение.

Корректные варианты: 1) по отделению «Науки о Земле» в секцию «Океанология, физика атмосферы и география»; 2) по отделению наук о Земле в секцию океанологии, физики атмосферы и географии.

Запятая нужна. При этом само указание на номер и том уместно заключить в скобки, потому что в этом указании существительные не в предложном падеже, в отличие от словоформы в журнале: Документ опубликован в журнале «Вестник» (№ 1, том 2). Сравним вариант с уточняющими обстоятельствами: Документ опубликован в журнале «Вестник», в № 1, в томе 2.

Прямая речь внутри авторских слов верно оформлена в первом варианте.

Такой перенос не противоречит правилам.

При числительных два, три, четыре, двое, трое, четверо сказуемое обычно ставится в форме множественного числа: ...существуют три субрегиональные группы.

1. Склонение/несклонение аббревиатур связано всего лишь с традицией их употребления. Слово СПИД появилось в нашей речи еще в 1980-е годы и практически сразу стало восприниматься как полноценное существительное мужского рода, то есть приобрело способность склоняться и оформляться строчными буквами, например: Такая же участь ожидает нашу страну и наш народ, который теперь по государственному указу получает прививку духовного СПИДа, который грозит нам окончательной духовной гибелью [Г. В. Свиридов. Музыка как судьба (1987)]; Название этой страшной болезни тогда еще он не знал, но речь шла о спиде [Василий Катанян. Лоскутное одеяло (1980–1989)]. Аббревиатура ВИЧ, как показывает статистика, распространена существенно меньше.

2. В контексте в начале было слово присутствует не наречие, а существительное с предлогом, так как речь идет о начале начал.

3. Ударение в фамилиях на -их, -ых падает на окончание лишь в том случае, если это двусложные фамилии: Больши́х, Долги́х и т. п. В фамилиях с тремя и более слогами ударение такое же, как в исходных прилагательных: Полевы́х, но Пова́ренных. Сдвиг ударения в фамилиях первого типа отчасти можно объяснить тенденцией к ритмическому равновесию.