Дело в том, что всеохватного справочника по практическим вопросам русской речи сейчас нет. Если Вам необходим справочник по правописанию, то можно рекомендовать издание: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник. М., 2006.

Что касается грамматического справочника, то, возможно, подойдет книга «Грамматическая правильность русской речи. Стилистический словарь вариантов» (авторы: Л. К. Граудина, В. А. Ицкович, Л. П. Катлинская).

Если говорить об орфографически правильном написании, оно было бы таким: ГУ «ВШЭ», Государственный университет «Высшая школа экономики».

Знак дефиса (орфографический) в официальном полном наименовании, конечно же, следовало бы заменить на пунктуационный знак тире. Дефис в аббревиатуре обосновать можно: аббревиатура – это единое слово.

Если предложение или словосочетание, заключенное в кавычки, должно было бы заканчиваться запятой, но дальше следует продолжение текста, то запятая не ставится ни перед закрывающими кавычками, ни после них. Правильно: Рассмотрим «Положение о мероприятиях, направленных на улучшение содержания животных в неволе» в данном контексте. Подобный «прорыв в исследованиях, кардинально изменивший к лучшему жизнь животных в неволе» был совершен еще в прошлом столетии и не может более считаться новаторским.

В упомянутом Вами разделе речь идет о так называемых колебаниях и вариантах, отличающих формообразование отдельных групп существительных. Вероятно, такие случаи предпочтительнее называть вариативными, а не спорными, хотя разные формы и оказываются предметом спора. Предпосылкой грамматического варьирования становится наличие в значении существительного признаков, характеризующих семантику разных форм. В речи, когда существительное употребляется в сочетании с конкретными словами, могут быть выражены или подчеркнуты только одни, но не другие смысловые признаки (например, признак ‘рыба’, но не ‘рыбное блюдо’). Вывод: обсуждаются сфера грамматического варьирования и признаки грамматических форм, предопределяющие варьирование; отмечаются тонкие смысловые нюансы высказываний, выраженные при помощи вариантных форм; в результате можно наблюдать смысловые и грамматические предпочтения говорящих, фиксировать изменения в функционировании именных форм.

Сочетание гендерно ориентированный зафиксировано в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря». Там же можно прочитать о подобных сочетаниях. 

Нужно указать выходные данные оригинального издания. Полагаем, что библиографическое описание можно дать на японском языке (если позволяют технические возможности) или перевести на русский. Эти нюансы нужно обсудить с издательством, в котором будет опубликована Ваша научная работа. 

В «Справочнике по пунктуации» Д. Э. Розенталя сформулировано правило:

Если между внутренними и внешними кавычками стоит вопросительный или восклицательный знак, то рисунок кавычек может не меняться, например: Выдающимся публицистическим произведением А. М. Горького является статья «С кем вы, «мастера культуры»?» (§ 68, п. 5).

Наталья, Вы совершенно напрасно «допекали» «Вечернюю Москву». Ошибок в СМИ, к сожалению, немало, но в данном случае ошибки нет, сочетание ждем ваших писем (звонков, историй) корректно.

В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» указано: Ждать – 1. чего (при сочетании с отвлеченным существительным или конкретным, но употребленным с оттенком неопределенности). Ждать возможности. Ждать писем. Ждать поезда (какого-либо). Я ждал только случая, чтобы показать ему, что нисколько не дорожу его обществом (Лев Толстой). 2. кого-что (при сочетании с одушевленным существительным или неодушевленным, но употребленным с оттенком определенности). Ждать сестру. Я жду одну женщину. Ждать ежедневную почту. Ждать поезд Симферополь – Москва.

Такое употребление характерно для разговорной речи. В стилистически нейтральных текстах, в деловой и официальной речи не следует использовать форму множественного числа настоящего времени в значении повелительного наклонения.

Именно такая фиксация – СМС-сообщение, сим-карта – в академическом «Русском орфографическом словаре» (4-е изд., М., 2012). Дело в том, что СМС расшифровывается как аббревиатура и по-русски («служба мобильных сообщений»), а сим  такой расшифровки в русском языке не имеет и не воспринимается по-русски как аббревиатура.