Да, запятую надо поставить.
Да, наиболее распространенная этимологическая версия предполагает родство этих слов. Слова бык и пчела (из др.-рус. бъчела, бьчела) по происхождению являются звукоподражательными и связаны с глаголами бу́ча́ть ‘реветь’, ‘мычать’, ‘жужжать’, бу́кать ‘издавать глухие звуки’. Существуют, впрочем, и другие версии происхождения этих слов.
Запятая нужна, она отделяет присоединительную конструкцию (здесь и = «притом»).
Смысловых и стилистических отличий нет, варианты уверен, что... и уверен в том, что... равноправны. Правильно также: думал, что...; надеялся, что...; надеялся на то, что... (но не думал то что...; надеялся то что).
Местоимение Вы пишется с большой буквы при обращении к одному лицу в личных письмах, служебных записках, заявлениях и т. п. официальных документах, адресованных конкретному лицу, – то есть в тех случаях, когда адресат один. Обращение к посетителям сайта нельзя считать обращением к одному лицу (даже несмотря на то что конкретный пользователь просматривает сайт в одиночку), это обращение к неопределенному кругу лиц, поэтому вы в этом случае следует писать с маленькой буквы.
Сочетание крепок, как кремень не является фразеологическим оборотом. Это типичное сравнение.
Трудно что-либо сказать о выборе знака препинания здесь, так как смысл предложения в целом неясен, неясны и логические отношения между его частями.
«Поверил Я алгеброй гармонию»... Именно эти строки напомнил Ваш вопрос. Как известно, пьеса «Моцарт и Сальери» была опубликована в альманахе «Северные цветы на 1832 год». В первом издании фрагмент был представлен в такой графической версии:
Намедни ночью
Безсонница моя меня томила
И въ голову пришли мнѣ двѣ, три мысли.
В 1838 году вышел в свет первый том полного (посмертного) собрания сочинений А. С. Пушкина, и в нем фрагмент сцены был представлен в измененном виде:
Намедни ночью
Безсонница моя меня томила,
И въ голову пришли мнѣ двѣ - три мысли.
Без сомнения, вопрос о причинах пунктуационных изменений — это прежде всего вопрос к издателям. Как можно полагать, пушкинисты-текстологи знают ответ на этот вопрос. Нам же очевидно, что, вне зависимости от того, как был представлен фрагмент в последующих изданиях, пунктуационные нормы, зафиксированные в справочной литературе ХХ века, не могли быть учтены в веке девятнадцатом.
Отвечая на Ваш вопрос, можно назвать фамилии многих ученых, систематизировавших и излагавших правила правописания (каждый из которых в том или ином отношении был первым). Но всё-таки наиболее правильным будет назвать имя Якова Карловича Грота (1812–1893), автора капитального труда «Спорные вопросы русского правописания от Петра Великого доныне» (1873), в котором подробно изложена история русского письма и разобраны как с теоретической, так и с практической точки зрения все важнейшие стороны и затруднительные случаи правописания. С именем Я. К. Грота связано возникновение теории русской орфографии. Его справочник «Русское правописание» (1885) выдержал более 20 переизданий и до революции был главным справочным пособием по правописанию.
