Через дефис пишутся многие прилагательные, основы которых связаны не сочинительной (молочный и консервный), а подчинительной связью (молочные консервы): моло́чно-животново́дческий, моло́чно-промы́шленный, моло́чно-разда́точный, моло́чно-това́рный, моло́чно-хозя́йственный. Дефисному написанию таких слов способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных (−н-, −енн-, −ое-, −ск- ).
То, что Вы называете предложением без глагола, в реальности представляет собой неполное предложение, в котором глагол просто опущен во избежание повтора (ведь он только что прозвучал в первой реплике), но он подразумевается. Восстанавливается полное предложение без труда: Я хочу шоколадку. Конечно, и в полном, и в неполном вариантах этого предложения местоимение является подлежащим.
В первом предложении возможно двоякое понимание оборота с союзом как: если как сорняк = «в качестве сорняка», запятая не нужна; если как сорняк = «так же, как это делает сорняк» (то есть имеет место сравнение), запятая нужна. Во втором предложении возможно только одно понимание оборота — как сравнительного и требующего обособления.
Правилам соответствуют написания прилагательных обыденно-эмпирический и частнонаучный: первое из них образовано от слов, обозначающих равноправные понятия (обыденный и эмпирический), второе — от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки). О написании прилагательного естественно-научный см. комментарий на орфографическом академическом ресурсе «Академос». По аналогии с естественно-научным закономерно и написание естественно-природный.
В словах ёлочка и ошибочка по два суффикса -оч- и -к-. Оба слова образуются от слов, в которых уже есть суффикс -оч-, имеющий форму -(о)к-: ёлка (нет ёлок) > ёлочка, ошибка (нет ошибок) > ошибочка. В первом суффиксе о — беглая гласная и к чередуется с ч, поэтому он имеет три варианта: -к-, -ок-, -оч-.
Приведенные Вами сочетания могут использоваться как описательные обороты или как неофициальные названия. В первом случае сопоставление с сочетанием российское правительство корректно, ср. также: останкинская усадьба (усадьба Останкино), альпийский хребет (Альпы — горный хребет). Названия Внуковский аэропорт и Шереметьевский аэропорт зафиксированы в словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011).
Верная пунктуация: Однако спустя некоторое время появилось новое пожелание Заказчика внести изменение в структуру кварталов, связанное с пожеланием отказаться от двух подземных уровней и выполнить парковку в виде частично надземного стилобата. Для постановки запятой после время нет оснований, так как спустя некоторое время — это не деепричастный оборот. Запятая после слова кварталов отделяет последующий причастный оборот.
Запятая нужна. В первом предложении это запятая после обстоятельства теперь перед придаточной частью, присоединенной одиночным союзом когда. Во втором предложении это запятая после сочинительного союза однако и перед подчинительным союзом как только в начале предложения: в таких случаях запятая «обычно ставится» (пункт 4 параграфа 36.5 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).
Заимствованное слово деним включено в выпуск «Новое в русской лексике. Словарные материалы-1978» (М., 1981), что можно считать его первой лексикографической фиксацией в отечественном издании. Неологизм также представлен в словарях иноязычной лексики и в «Русском орфографическом словаре». Несомненно, словарное «признание» свидетельствует о вхождении слова в лексический состав русского языка.