Да, при перечислении предметов необходимо ставить запятые. 

Существительные с суффиксом -ин-, имеющие значение количественного признака, который может проявляться в различной степени, образуются от непроизводных качественных прилагательных: глубок-ий →глуб-ин-а (с усечением производящей основы), широк-ий ― шир-ин-а (с усечением производящей основы), низк-ий → низина (с усечением производящей основы), толст-ый → толщ-ин-а (чередование ст // щ) и др.

Вопросы, которые Вы задаете, касаются такого раздела морфологии, как аспектология. Советуем Вам познакомиться с такими базовыми исследованиями по аспектологии, как «Вид и время русского глагола» А. В. Бондарко, «Очер­ки по ас­пек­то­ло­гии» Ю. С. Маслова, «Мно­го­знач­ность и си­но­ни­мия в ви­до-вре­менной сис­те­ме рус­ско­го гла­го­ла» М. Я. Гловинской. 

Запятая перед союзом "да и", стоящим между однородными членами предложения, не ставится.

В обоих случаях только — частица, и в обоих случаях она находится между подлежащим и сказуемым. В первом предложении тире между подлежащим и сказуемым-существительным не ставится именно из-за наличия частицы (см. пункт 6 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Март только начало весны. Во втором предложении подлежащее и сказуемое выражены инфинитивом, а в таких случаях ставится тире, частица его не отменяет (см. параграф 12 того же справочника): О решённом говорить — только путать.

Если 5 мл — это характеристика флакона (его объем), то нужно изменить порядок слов, поставив сочетание 5 мл непосредственно после существительного флакон (это позиция несогласованного определения). Указание на количество предметов уместно отделить тире: Флакон 5 мл — 5 шт.

Запятая перед частицей да и только обычно ставится.

В данном случае запятые между определениями ставятся потому, что второе из них поясняет первое, раскрывая его содержание (возможна вставка слов то есть, а именно). См. параграф 41 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

В словарях фразеологизмов не зафиксировано сочетание как по волшебству — только сочетание как по мановению волшебной палочки. Впрочем, сочетание как по волшебству в приведенном предложении есть основания считать обстоятельством образа действия (= «волшебным образом») и все-таки не обособлять.

Предложения такой структуры охарактеризованы в параграфе 2589 «Русской грамматики» 1980 г. как фразеологизированные предложения с междометиями. Они включают междометия ах, ох, эх со следующим далее личным местоимением и оценочным именем в форме именительного падежа: Ах она плутовка!; Ах ты милашка!; Ох он разбойник!; Эх вы обманщики! Как показывают примеры, такие предложения могут включать местоимения не только второго лица. Соответственно, форма именительного падежа существительного не всегда может восприниматься как обращение. В предложениях типа Ах она плутовка! эта форма по функции близка к сказуемому, но может быть интерпретирована и как что-то близкое к поясняющему приложению к личному местоимению, поскольку это не обязательный элемент подобных предложений, сравним примеры типа: Ах ты! Какая жалость! — всплеснула руками Лена. [Борис Можаев. Падение лесного короля (1975)]. (При этом нужно учитывать, что фразеологизированные предложения не поддаются обычному синтаксическому разбору, функции формы существительного в них выделяются очень условно.) Значит, пунктуационное оформление может быть вариативным: как с запятой перед формой именительного падежа существительного, так и без нее.