Так что – союз, то же, что «и поэтому, следовательно». Синтаксические конструкции, начинающиеся с союза так что, выделяются запятыми; при этом первый знак препинания ставится перед союзом (перед словом так), а не между чего частями, например: На другой день по их приезде пошел проливной дождь, и ночью потекло в коридоре и в детской, так что кроватки перенесли в гостиную (Л. Толстой, Анна Каренина).

Но союз так что  не следует смешивать с сочетанием местоимения так и союза что, где перед союзом что  ставится запятая: Жизнь Берлиоза складывалась так, что к необыкновенным явлениям он не привык (М. Булгаков, Мастер и Маргарита).

При такой пунктуации союз что не нужен (слово похоже выступает как вводное). А если убрать первую запятую (после и), то союз что можно оставить.

Предпочтительно: Но несмотря на то, что человек не был центром мира, древнегреческие философы все же признавали, что он обладает уникальностью. Сравним примеры из параграфа 34.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, формально схожие с Вашим: Но мало того, что не было никогда такой неприязни, василёк с древних времён участвовал во многих красивых обрядах и празднествах (Сол.); Но прежде, чем говорить о личности офицера и его разговоре, необходимо попристальнее взглянуть на внутренность его балагана и знать хоть немного его образ жизни и занятия (Л.Т.).

В этом случае придаточная часть усечена до одного союзного слова что и не требует отделения запятой. Сочетание по крайней мере употреблено в предложении в функции вводного: Сделать мужчина ничего не мог — по крайней мере, он ещё не придумал что.

Патернализм – 1) покровительство старшего младшему, подопечному; 2) опека, покровительство крупных государств по отношению к более мелким государствам или колониям; 3) концепция государственного управления, согласно которой государство должно выступать в роли покровителя своих детей-граждан и заботиться об их благополучии, т. к. оно лучше знает, что им необходимо; 4) система дополнительных льгот и выплат на предприятиях за счет предпринимателей с целью закрепления кадров, смягчения трудовых конфликтов.

Подробно об этом читайте в "Справочнике по пунктуации". Корректная пунктуация: Я сидел дома не потому, что я болен, а потому, что я устал. Обратите внимание, что в этом предложении трижды повторяется слово я. Рекомендуем избегать таких повторов.

Если все что угодно является частью сложноподчиненного предложения, то запятая нужна, например: Сотрудник выполняет все, что угодно начальству. Если все что угодно является самостоятельным цельным выражением, то запятая не нужна (как в приведенном примере).