Первое. Название растения и название напитка, приготовляемого из плодов этого растения, следует писать со строчной буквы: кола.

Второе. Смысл фразы 100-процентная кола нужно пояснить: имеется в виду стопроцентная натуральность напитка или стопроцентное содержание плодов колы? В первом случае верно: стопроцентно натуральная кола.

Корректно: 

В результате анализа вышеизложенного / вышеизложенного анализа возникают следующие вопросы:

— допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда;

— не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда. 

В примере из справочника мы имеем дело с обособленным обстоятельством.

Обстоятельства, выраженные существительными в формах косвенных падежей с предлогами, обособляются для попутного пояснения или смыслового выделения. Такое обособление факультативно.

Это же обстоятельство из озорства могло и не обособляться. Тогда вводное слово должно быть выделялось бы запятыми с двух сторон, хотя стало бы неясно, к какому из обстоятельств в предложении оно относится.

В Вашем предложении слова из-за многозначности также могут выступать как обособленное обстоятельство (в том числе со значением присоединения), если это соответствует смыслу предложения и интонации. Но автор текста не стал обосабливать их. Поэтому выделяется только вводное слово вероятно.

В приведенном Вами предложении уточнение в южных районах относится к ряду топонимов: Дальнего Востока, Красноярского края, Иркутской области. 

Действительно, если поставить двоеточие после сочетания бумагу с приказом, получится, будто следующая реплика — это слова директора, поэтому здесь нужна точка. Заметим также, что первая часть реплики воспринимается как принадлежащая Юре, поскольку с этого имени начинаются авторские слова. Сообщение о том, что Юра кричит, нужно перенести в другое место текста, чтобы прямая речь однозначно воспринималась как принадлежащая Насте: «Так экзамен будет завтра? — Настя спокойно кивает в сторону директора — тот как раз несёт бумагу с приказом. — Ты в школе-то был?..» Сочетание бегал, вопил, всем жаловался оформляется как ряд однородных сказуемых, обозначающих три раздельных действия.

Пунктуация в приведенном примере верная. О сочетании запятой и тире см. в § 64 раздела Сочетания знаков препинания (Розенталь Д. Э. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» М., 2003), где указано, в частности, что в большинстве случаев каждый из этих двух знаков препинания ставится на собственном основании (запятая может закрывать обособленное определение, приложение, придаточную часть и т. д.)

Действительно, вопрос нетривиальный. С читательской точки зрения, как нам кажется, лучше будет восприниматься такое заглавие: Русский (остров). Ведь в традиционном, бумажном издании читатель искал бы статью на букву "Р", значит, с нее и должно начинаться заглавие. А скобки отражают современное употребление: чаще приходится слышать сочетание остров Русский, чем Русский остров.

Напротив, такие сочетания, как Крысий остров, Большое Медвежье озеро (употребляющиеся именно с таким порядком слов), разумно писать без скобок, оставляя слова остров, озеро. Сравните: в традиционной энциклопедии – БСЭ – статья называется Большое Медвежье озеро, нет причин отказываться от такого представления заголовочного слова и в Википедии.

При такой формулировке высказывание оказывается двусмысленным, так как часть в соответствии с требованиями ППР может быть отнесена как к последнему из однородных членов, так и ко всему ряду. Корректно: В соответствии с требованиями ППР на объекте следует выполнить ремонт пожарных гидрантов, внутреннего противопожарного водопровода, оснащение огнетушителями или На объекте следует выполнить ремонт пожарных гидрантов, внутреннего противопожарного водопровода и в соответствии с требованиями ППР оснащение огнетушителями.  

В обоих случаях содержание вопроса (вопросов) представлено в придаточном изъяснительном предложении, связанном с главной частью союзом-частицей ли. Такой вопрос называется косвенным и не требует вопросительных знаков в конце предложения. Косвенные вопросы могут быть связаны с главной частью не только союзом-частицей ли, но и союзным словом, сравним: Остаётся непонятным, как это случилось; Возникает вопрос, кто это сделал.

Отметим, однако, что примеры всё же несколько разные. Во втором из них вопрос всего один и придаточное зависит от сказуемого остается непонятным, так что допускается только один вариант оформления — тот, который приведен в ответе.

В первом же примере вопросы относительно самостоятельны и им предшествует обобщающее слово следующие (сравним вариант без этого слова и с более тесной связью между придаточными: ...возникают вопросы, допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда и не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда), поэтому, кроме приведенного в ответе варианта, возможно и оформление прямых (уже не косвенных) вопросов в виде нумерованного списка:

...возникают следующие вопросы:
1. Допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда?
2. Не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда?