С собственно языковой точки зрения в этом нет ошибки: ведомство — родовое наименование в отношении слова министерство. Однако в структуре российской исполнительной власти министерства обычно отграничивают от ведомств. К последним относят такие органы исполнительной власти, как агентства, службы, комитеты и др.

Правильно: ГАУК «Театр» заключило договор. Согласование — с родовым словом, в данном случае с опорным словом аббревиатуры (учреждение... заключило). Ср.: кинотеатр «Победа» был построен (не была построена), партия «Яблоко» была основана (не было основано).

Словосочетание гражданская война пишется строчными как родовое название, определяющее характер войны (в этой стране высока вероятность гражданской войны). С прописной пишется первое слово этого названия, если речь идет об историческом событии: Гражданская война в России 1918–1920, Гражданская война в США 1861–1865.

В названиях улиц, площадей, переулков, проспектов и пр. с большой буквы пишутся все слова, кроме родовых терминов (т. е. самих слов улица, площадь и т. п.), служебных слов, а также слов года, лет. Правильно: проспект Генерала Алексеева, улица Маршала Катукова, улица Лейтенанта Шмидта.

Предпочтительно: ученика... г. Черновцы. Географические названия в сочетании с родовым словом (здесь – город) обычно не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме множественного числа. Ср.: ученика... г. Киева (название склоняется, т. к. его внешняя форма не связывается с представлением о мн. числе).

Слово Обороны тоже должно быть написано с большой буквы. В названиях улиц, площадей, переулков, проспектов и пр. с большой буквы пишутся все слова, кроме родовых терминов (т. е. самих слов улица, площадь и т. п.), служебных слов, а также слов года, лет.

Требуется тире: По сообщениям, над районным центром — городом Нижний Ломов и прилегающей к нему сельской местностью ожидается гроза.

Что касается склонения названия, то справочники дают разные рекомендации. На практики названия из двух слов при употреблении с родовым словом город чаще не склоняются.

Тире в составном наименовании должности уместно, а прописная буква не нужна.

ОАО - часть названия (родовое наименование). Слова "управляющая организация", как мы понимаем, не входят в состав названия компании. Подробно о кавычках при наименованиях организаций см. в "Письмовнике".