В данном контексте местоимение «его» относится к словосочетанию «дорожно-строительное предприятие». 

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Здесь лучше поставить определение в форму множественного числа: ежедневные сбор, обновление и ведение электронных данных, т. к. при единственном числе неясно, связано ли определение только со словом сбор или со всем рядом однородных членов.

Корректно: О назначении ответственных за составление и ведение Табеля учета использования рабочего времени.  

1. Такое сочетание возможно.

2. Оба варианта возможны.

3. Корректно: во время пребывания.

4. Скобки возможны.

5. Фраза построена неудачно.

В этой фразе можно не ставить никаких дополнительных знаков препинания, но лучше все же разделить определения запятыми как однородные.

Оба варианта корректны.

Возможны разные варианты: Имеется редкое издание книги Вольпе Л. "Салтыков-Щедрин в Пензе"; Имеется редкое издание: Вольпе Л. Салтыков-Щедрин в Пензе.