Прилагательное Чебаркульский здесь действительно начинается с прописной буквы, но не потому, что оно образовано от названия города, а потому, что это первое слово в названии организации.

Действительно, слово "список" в заголовке соответствующего раздела содержательно лишнее, но ошибкой сочетание "список литературы" не является. Например: об этом см. в списке литературы (не в "литературе" же!).

Перечитали Ваш вопрос трижды и не нашли противоречий. Действительно, форма единственного числа (пеня) считается устаревшей, и рекомендуется употреблять форму множественного числа: пени, пеней, пеням и т. д.

Действительно, эти слова следует склонять. Также рекомендуем заменить слово типа на слово вроде: И я не говорю о сугубо мужских профессиях вроде подводников или летчиков штурмовой авиации.

Увы, подобрать более удачный перевод для слова challenge довольно трудно. А приведенный Вами заголовок, действительно, плох своею двусмысленностью. Здесь слово вызов можно было бы заменить синонимом испытание.

Фраза корректна. Между словами, обозначающими пространственные пределы, действительно ставится тире, кавычки при этом не нужны, см. примеры в параграфе 8.1 справочника Д. Э. Розенталя по пунктуации.

Действительно, в данном случае деепричастный оборот не отходя от стола, являясь обстоятельством образа действия, тесно связан со сказуемым, образует смысловой центр высказывания и потому не требует обособления. 

О допустимости употребления слова довлеть в таком значении в свое время действительно шли споры. Но это новое значение уже прижилось в языке. Подробнее см. в «Словаре трудностей».

Запятая действительно не нужна. В подобных случаях подразумевается главная часть при двух придаточных: [Мы расскажем,] как растение-агрессор добралось от Кавказа до Камчатки и что его может остановить.

Это корректный прием проверки. Слово наконец-то действительно не используется в качестве вводного, и в контекстах, в которых возможна замена наконец на наконец-то, слово наконец также не вводное.