Вы правы, ряд существительных в именительном падеже слово, части речи, члены предложения и предложения нельзя считать рядом однородных членов с обобщающим словом категорий, поскольку это существительное стоит в форме родительного падежа. Конструкция может быть интерпретирована как бессоюзное сложное предложение с неполной второй частью: Синтаксис рассматривался учёным в его исторических изменениях на основе взаимосвязи главнейших грамматических категорий: [к ним относятся] слово, части речи, члены предложения и предложения.

Подобное предложение приведено в параграфе 50 Справочника Д. Э. Розенталя, посвященном оформлению прямой речи внутри авторских слов: Не говорить же: «Эй, собака!» или «Эй, кошка!» В Вашем случае нужны запятые перед союзом или, поскольку он повторяющийся; тире после прямой речи перед вводным словом значит по условиям контекста не требуется: Если вам говорят: «Не делай этого», или «Остановись», или «Тебе это не нужно», значит, вы на правильном пути.

Если убрать союз что, предложение превращается бессоюзное сложное с изъяснительным значением (на это значение указывает глагол чувствовать, предупреждающий о последующем изложении какого-либо факта).

Между частями таких предложений ставится двоеточие, но необязательно. При глаголах, выражающих чувственное восприятие, возможна и постановка запятой — если пишущий не намерен выразить предупреждение: Слышу, с полей донеслась жалейка, ветер дыханье полей принес.

Поэтому верны оба варианта: и с двоеточием, и с запятой.

Слово иначе в этом предложении неуместно: как наречие оно значит 'иным способом, иным образом, не так; по-иному, по-другому'. Рекомендуется заменить его на сочетание в ином случае или на более конкретное при наличии товара. Тогда предложение встроится в общий ряд предложений с начальным обстоятельством условия, не требующим отделения знаками препинания: При отсутствии товара снимите ценник. При наличии товара сканируйте штрихкод ценника. При отсутствии ценника выполните печать. 

Предложение нуждается в редактировании. Возможные варианты:

• Но как в беседе со специалистами, так и у стенда с опытными образцами нам трудно было что-либо понять. (Запятая ставится перед второй частью двойного союза как... так и, соединяющего однородные члены предложения, в данном случае обстоятельства);
• Но, как и в беседе со специалистами, у стенда с опытными образцами нам трудно было что-либо понять. (Обособляется оборот с союзом как и).

1. Словари по-разному определяют грамматические характеристики этой аббревиатуры. В «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко (М., 2010) указано, что аббревиатура ОАЭ среднего рода, а в «Словаре трудностей русского языка для работников СМИ» М. А. Штудинера (М., 2016) – множественного числа. В данной ситуации лучше построить предложение так, чтобы избежать необходимости согласовывать с аббревиатурой ОАЭ другие слова.

2. Слово Эмираты имеет формы только мн. числа.

В этом предложении запятая перед союзом и не нужна, т. к. мы с вами уже 60 лет и хорошо знаем - это простое, а не сложное предложение. Но конструкция его необычна. В нем два однородных сказуемых: первое - нулевое (его можно восстановить: находимся, сотрудничаем, к этому нулевому сказуемому относится обстоятельство времени уже 60 лет), второе - знаем. Таким образом, союзом соединяются однородные сказуемые - нулевое и знаем.  

Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

Формулировка девиза представляет собой бессоюзное сложное предложение. Параллелизм строения частей позволяет увидеть в нем сопоставительные отношения, действительно выражаемые с помощью тире (см. пункт 1 параграфа 130 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Заметим, однако, что сказуемые вечно и бесконечно синонимичны (сравним словарное толкование прилагательного вечный: «бесконечный по времени»), то есть лексический состав частей не предполагает сопоставления.