Для принятия верного решения в таких случаях нужно обращаться к правоустанавливающим документам. В соответствии с ними корректно с прописной: Департамент ветеринарии Минсельхоза России. 

Правильно: по применяемой ставке налогообложения. 

Считаем, что название мужского рода.

Заголовки таблиц выравниваются по центру.

В открытых таблицах боковики должны быть набраны от левого края формата таблицы, а в закрытых таблицах — с отбивкой от левой обрамляющей линейки на полукегельную (перевожу: выключка влево, с отбивкой на полбуквы). Если в боковике закрытой таблицы содержатся только цифровые данные или названия марок машин, то они должны быть размещены по центру формата боковика.

Цифровые данные в колонках таблиц должны быть выровнены по разрядам (в смешанных числах — по запятой). В этом случае наибольшее число выключается по центру, причем отбивка от линеек в графе таблицы не должна быть менее 2 п., а расстояние между соседними колонками в выводе — не менее кегельной. Равнение по разрядам обязательно, если в таблице или выводе есть итоговая строка. (То есть самое большое число по центру, остальные относительно него по разрядам: единицы под единицами, десятки под десятками и т. д.)

Если большинство данных в цифровой графе (колонке) представляют собой пределы величин, соединенные знаком тире, то они должны быть выровнены по тире с выключкой наибольшей величины по центру колонки.

При резко различных между собой числах, особенно если они разнородны по содержанию, все числа должны быть выключены по центру колонки. Числа, имеющие наименования (30 мм), должны быть поставлены по центру колонки вместе с этими наименованиями.

Если хотя бы в одной колонке встречается пятизначное (или больше) число, то все числа в данной таблице (выводе), начиная от четырехзначных, должны быть разбиты на классы шпациями по 2 п.

Знаки тире или многоточия, используемые в колонках вместо отсутствующих величин, всегда должны быть выключены по центру формата колонки.

В книжно-журнальных таблицах формулы должны быть выключены либо по центру графы, либо в левый край с отступом от вертикальной линейки на полукегельную. Другие элементы в этом случае должны быть выровнены по средней линии формул. От горизонтальных линеек формулы должны быть отбиты не менее чем на полукегельную.

Да, во всех приведенных примерах запятые нужны.

Такие названия лучше заключать в кавычки. Кавычки помогут читателю определить границы названия.