На практике - именно так, хотя теоретически в обоих случаях можно использовать либо опустить предлог.
Верно: во всплывающем окне.
Повтор здесь нужен (в том числе в связи с протетическим Н в слове "нее", которое используется после предлога).
Запятая не ставится: наименование должности и наименование ученой степени – неоднородные приложения.
Значение этого предлога Вы можете прочесть, воспользовавшись окном «Искать на Грамоте» на портале.
См. в «Письмовнике».
Предлог можно оставить или опустить.
Верно: в пищеблоке.
Возможны варианты: на автобусе и в автобусе. Конструкции с предлогом на употребляются для подчеркивания способа передвижения (добирался до работы на автобусе), тогда как сочетания с предлогом в обращают внимание на нахождение внутри данного средства передвижения (в автобусе было душно).
Как ответ на вопрос "Где?" - в спортивном городке.
