О разнице в конструкциях по вопросу (чего?) и по вопросу (о чем?) см. в ответе на вопрос № 311437.
Правильно: по применяемой ставке налогообложения.
Здесь необходимо учитывать смысловые отношения слов и сочетаний. Так, если обстоятельство по причинам (не зависящим от сторон договора) уточняет обстоятельство в связи с расторжением договора и оба этих обстоятельства относятся к сказуемому прошу, то запятая нужна; если имеется в виду, что расторжение договора произошло по причинам, не зависящим от сторон договора, то запятая не нужна.
Правильно: по окончании, по завершении. Предлог по в значении 'после' употребляется с существительными в форме предложного падежа.
Даже если окончание срока давности является причиной того, что дело закрыто, при таком строе предложения возможен лишь один вариант: по истечении срока давности.
См. в Словаре трудностей.
Слова по возможности не требуют обособления.
Нет. Верно: по вопросу, касающемуся...