После точки как знака сокращения не ставится точка в конце предложения. В остальном точка как знак сокращения не влияет на пунктуацию: если оборот должен быть обособлен, он обособляется и при наличии в конце его сокращения с точкой, например: Иван, родившийся в 1985 г., встретил Машу...
Приведенный Вами пример не показателен. Во-первых, запятые не нужны: обороты, присоединяемые предлогом в ответ на, обычно не обособляются. Во-вторых, не нужно и сокращение г.: если дата записывается цифрами, то слово года или сокращение г. после даты не требуется. Корректно: В ответ на исходящие № 1 от 07.09.15 и № 5 от 21.09.15 сообщаем, что...
Верно дефисное написание.
Да, верно дефисное написание: HD-качество.
Корректно: Оплата работ производится по факту выполнения, в течение 45 календарных дней с даты подписания Акта о приемке выполненных работ.
Правильно слитное написание: непоступления.
Запятая не нужна. Правильно: согласовывает с Вами.
Эти прилагательные характеризуют грунт с разных сторон — со стороны устойчивости к промерзанию и к замачиванию водой соответственно. Следовательно, это неоднородные определения, между которыми не нужна запятая.