Такое написание ошибочно. Слово жюльен пишется через Ю.

Обращение на вы к одному человеку само по себе выражает уважительное отношение. Вы рекомендуется писать с прописной при обращении к одному лицу, но окончательное решение принимает автор текста.

Пунктуация корректна.

Действительно, ботаник и академик РАН — неоднородные приложения.

Союз и соединяет здесь части сложносочиненного предложения, поэтому запятая нужна.

Использование бессоюзной связи в данном случае не выглядит удачным. Более уместным будет (в зависимости от контекста, который здесь не приведен) либо прояснить отношения частей с помощью союза, либо оформить части как самостоятельные высказывания:

• Если вам разрешили пользоваться телефонами, это хорошо.
• Вам разрешили пользоваться телефонами. Это хорошо.

Бессоюзие может быть использовано при параллельном строении частей и сопоставительных отношениях между высказываниями:

• Всё п росто: вам разрешили пользоваться телефонами — это хорошо, вам запретили телефоны — это плохо.

Действительно, верно: Пермь – один из 12 российских городов... Числительное один образует словосочетание с существительным город.

Если речь идет о тире после личного местоимения он, то в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя сказано, что такое тире допустимо при логическом подчеркивании подлежащего, роль которого играет в данном случае это личное местоимение. Мы же заметим, что постановке тире в данном случае способствует указательное местоимение то в функции именной части сказуемого (специфика выражения сказуемого в подобных конструкциях не отражена в справочниках). Представляется, что к цитируемой надписи нет нужды применять понятие авторской пунктуации или авторского знака. 

Обычно непроизносимыми являются согласные д и т в сочетаниях стн, здн, рдц, рдч, стц, здц, нтск, ндск и согласные в и л в сочетаниях вств и лнц. В некоторых случаях наблюдается вариантность произношения: например, в словах костный, костлявый согласная т непроизносима, а в словах постлать, разостлать произношение без [т] не рекомендуется; в слове чувство есть непроизносимый согласный, а в слове явственный — нет, и в соответствии с литературной нормой следует произносить как [ф].

Литературной норме отвечает следующее согласование:

Определение

а) необособленное определение ставится в форме мужского рода (даже при наличии в предложении собственного имени): Уже известный читателям автор Н. Петрова предложила новую статью.

б)  обособленное определение ставится в форме женского рода, если оно стоит после собственного имени: Автор Н. Петрова, уже известная читателям, предложила новую статью.

в) определение-причастие ставится в форме женского рода независимо от порядка слов: Предложившая новую статью автор Н. Петрова уже известна читателям. Автор Н. Петрова, предложившая новую статью, уже известна читателям.

Сказуемое

а) сказуемое в книжно-письменных стилях (особенно в строгой официально-деловой речи) ставится в форме мужского рода: 1) при отсутствии собственного имени; 2) если сказуемое предшествует сочетанию «рассматриваемое слово + собственное имя»: Диссертант изложил интересные наблюдения. Уже известный читателям автор предложил новую статью. Увлекательные заметки предложил редакции известный автор Н. Петрова.

б) сказуемое ставится в форме женского рода, если оно стоит после собственного имени: Автор Н. Петрова предложила редакции увлекательные заметки. Диссертант Иванова изложила интересные наблюдения.

в) сказуемое может быть поставлено в женском роде, если его форма является единственным показателем того, что речь идет о женщине, а пишущему важно это подчеркнуть: Автор – штурман авиационного женского полка ночных бомбардировщиков – посвятила свою повесть памяти боевых подруг.

Постановка определения или сказуемого в форме женского рода в условиях, не отвечающих перечисленным выше, свойственна разговорному стилю.