Ваш вариант пунктуации возможен. Обратите внимание: современной норме соответствует дефисное написание слова естественно-научный.

По основному правилу между частями этого сложного бессоюзного предложения следует поставить двоеточие. На практике вместо него часто пишут тире, это не считается ошибкой.

В этом сложноподчиненном предложении слово кажется представляет собой грамматическую основу главной части, к нему присоединена придаточная часть с помощью союза что. Вводные слова и сочетания отличаются тем, что грамматически не связаны с какими-либо частями предложения.

Проблема состоит в том, что разные ученые (в том числе и составители словарей) по-разному оценивают степень устойчивости тех или иных сочетаний, поэтому могут либо причислять, либо не причислять их к фразеологизмам. Например, в двухтомном "Фразеологическом словаре современного русского литературного языка" под редакцией А. Н. Тихонова, который понимает фразеологию максимально широко, зафиксированы фразеологизмы иметь за душой (за душой ничего — это, в сущности, его вариант), душа в пятки ушла, радостно на душе. Сочетание с дорогой душой в этом длинном списке не числится, однако в нем есть со всей душой, с открытой душой, с чистой душой, так что отсутствие фразеологизма с дорогой душой можно счесть досадным упущением. Поэтому приходится констатировать, что задание некорректно, так как все приведенные в нем сочетания со словом душа можно считать фразеологически связанными. 

Запятая не требуется.

Запятые не требуются, но можно их и поставить (при интонации, указывающей на уточнение).

Да, правильно: мормышом.

В этом предложении нужен только один знак препинания – точка в конце. Обороты с предлогом начиная с (чего-либо) не обособляются, если предлог в буквальном смысле указывает на время, дату начала чего-либо (при этом слово начиная обычно можно опустить).

Это сочетание корректно.