Как правило, склоняются при отсутствии родового слова.
Вместо запятой предпочтительно двоеточие (между частями сложного бессоюзного предложения).
Верно: Распоряжение адресовано всем руководителям отделов и заведующим кафедрами.
Кавычки уместны, особенно если указываются версии программы, например: «1С:Бухгалтерия 8», конфигурация «1С:Бухгалтерия УСН 7.7» и т. д. Кавычки подскажут читателю, что вся эта последовательность цифр, букв и слов составляет одно название. Если просто употребляется обозначение 1C, то в принципе можно обойтись без кавычек: программа 1С. Но если название 1С используется в тексте наряду с более сложными обозначениями, то для единообразия корректно и его заключать в кавычки.
Запятая факультативна.
Лучше: ISAF.
Ваш вариант расстановки знаков препинания корректен.
Инициалы имени и отчества обычно располагают перед фамилией. Исключение составляют алфавитные пофамильные списки и некоторые другие случаи.
