У этих букв разные функции в русском письме. Буква Й обозначает согласный звук [j]. Буква Ь не обозначает звука, а лишь указывает на мягкость предшествующего согласного. Поэтому просто убрать одну из этих букв и заменить ее во всех функциях другой невозможно.

Окончанием является последняя буква. Точнее, последняя буква в этих словах обозначает два звука, один из которых относится к основе, второй – к окончанию: милици[ja] – милици[jy]. Основа этого слова милициj, окончание -а. На письме выделяется окончание -я. То же самое в слове путешествие.

Слово интернет имеет в современном русском языке только одно значение, поэтому прописная буква для его выделения не требуется (ср.: телевидение, радио и т. п.). Тогда как прописная буква в слове Сеть подчеркивает, что в данном случае это существительное употребляется в специфически узком значении. 

Это непростой вопрос. Терминологически точно сочетание ударный (безударный) гласный, так как ударным может быть только звук, а не буква. Но выражение ударная (безударная) гласная используется в научной и учебной литературе как заменитель длинного и неудобного, хотя и терминологически безупречного, оборота буква, обозначающая ударный (безударный) гласный звук.

После ц для передачи ударного гласного о пишется буква о, в безударном положении после ц пишется буква е. Если в фамилии Лисица ударение на и (как в нарицательном существительном лисица), то верно: Лисицей. Если же в фамилии ударение падает на последний слог, то верно в творительном падеже: Лисицой (ср.: пыльца – пыльцой).

Буква а пишется в словах, связанных по значению с прилагательным равный 'одинаковый'. Буква о пишется в словах, связанных по значению с прилагательным ровный 'гладкий, прямой, без неровностей'. Поэтому написание зависит от смысла. В случае с кустами возможно двоякое толкование: их делают одинаковыми / их делают ровными, гладкими, прямыми. Поэтому возможно и двоякое написание. Решение в таких случаях принимает автор текста.

И и Й – разные буквы (разница между ними даже больше, чем, например, между Е и Ё, из-за которых тоже нередко возникают юридические казусы). Буква И обозначает гласный звук [и], буква Й обозначает согласный звук [j]. Поэтому с юридической точки зрения (при чисто формальном подходе) Михаиловна и Михайловна – действительно, разные отчества. По нормам русского языка от имени Михаил образуется отчество Михайлович, Михайловна.

Слово логарифм пришло к нам из французского языка (фр. logarithme), в котором восходит к греческим словам logos (λόγος) 'слово, понятие, учение' и arithmos (ἀριθμός) 'число'. Получается, что буква а в словае логарифм — это первая буква второго греческого корня. Самое что ни на есть справедливое написание, отражающее историю слова. Поэтому менять орфографию слова логарифм не планируется.

Правописание приставки чрез- подчиняется общему правилу правописания приставок на з/с, см. § 82 «Правил русской орфографии и пунктуации». Приставки без-, вз-, воз-, из-, низ-, раз- (роз-), через- (чрез-) пишутся по особому правилу: перед буквами, передающими глухие согласные (к, п, с, т, ф, х, ц, ч, ш, щ), в них пишется буква с, а в остальных случаях — буква з, напр.: череззерница, чрезмерный.