В предложении, приведенном в вопросе, запятая перед союзом и поставлена для того, чтобы закрыть причастный оборот связанной с развитием сотрудничества. Если бы причастного оборота не было, то запятые в этом предложении были бы не нужны: Внести изменения в Правила осуществления деятельности и в Положение о регулировании такой деятельности.

Да, Вы верно думаете. После слова однако в начале предложения запятая нужна была бы только в том случае, если бы далее следовал обособленный оборот, например: Однако, взбунтовавшись, местное население выбрало...

Да, причастный оборот нужно закрыть запятой.

Пояснительный оборот тролли, химеры нужно выделить тире с двух сторон: Да, в диких местах водились всякие мрачные твари — тролли, химеры, — порой встречались недружелюбно настроенные феи и блуждающие огоньки... В остальном всё верно.

Обороты с предлогом подобно, как и другие сравнительные обороты, по общему правилу обособляются.

Запятая нужна: деепричастный оборот, находящийся после союза (в данном случае ведь), отделяется от него запятой.

Пунктуация при оборотах с предлогами от... до... не кодифицирована. Рекомендуем поставить тире как знак, выделяющий присоединительный оборот в конце предложения. 

С формальной точки зрения возможны оба варианта, но второй представляется бессмысленным, тогда как первый имеет смысл.

В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Сравнительный оборот как Бог конкретизирует глагол стать, обычно играющий роль полузнаменательной связки в именном сказуемом (сравним: Она стала бы как Бог), и не обособляется: Она сказала: «Стать как Бог – моё горячее желание».