1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!
2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.
Фамилии, оканчивающиеся на -и, не склоняются в русском языке (ни мужские, ни женские).
В русском языке склоняются мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный (кроме фамилий на -ИХ, ЫХ).
Мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, нужно склонять. Нанайские фамилии в русском языке следуют общему правилу.
Название этого музея - искусственное словообразование. Оно состоит из русского эра и арт (art, искусство).
Слова принебрежение нет в русском языке. Вероятно, Ваша знакомая имела в виду пару презрение ''полное пренебрежение, неуважение' – призрение ''попечение' (от призреть 'приютить').
Частица -с представляет собой сокращение обращения сударь, государь. Очень интересно об этом написал Лев Васильевич Успенский в книге «Слово о словах» (см. главу «Печальная история штабс-капитана Словоерсова»).
В современном языке глагол внять в формах будущего времени не употребляется.
В русском языке в слове департамент ударение падает на третий слог, в том числе если оно употребляется в указанном Вами значении.
В сочетании г. Пермь Пермской области зависимые слова Пермской области, грамматически связанные с существительным Пермь, играют при нем роль несогласованного определения, называющего постоянный признак (см. параграф 53 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина и приведенный в нем пример табуретки с золочеными ножками).
Во втором приведенном Вами случае сочетание Пермская область грамматически не связано со словом Пермь, оно несет в себе дополнительную информацию, а потому его уместно оформить как вставку в скобках: г. Пермь (Пермская область).
