Можно, хотя это выражение и не является устойчивым.
Такая формулировка возможна. Может быть, лучше: Куда ставить (класть) папки?
Запятая поставлена верно.
Возможны оба варианта.
Тире не требуется.
Глагол ложиться входит в состав русского литературного языка, он стилистически нейтральный и может свободно употребляться в любых контекстах. Все запреты, связанные с глаголом ложить, на глагол ложиться не распространяются.
Верно: Уже тогда я понимал, что стандартным, привычным для всех путем ничего не добиться.
Эта ситуация противоречивая. По основному правилу о знаках на стыке союзов возможность перестановки придаточной части дает повод ставить запятую между союзами: ...но, как этого добиться, я не знал (ср. ...но я не знал, как этого добиться). Д. Э. Розенталь показал особый случай отступления от основного правила, когда союз и присоединяет целое сложноподчиненное предложение: Он давно уже уехал, и где он теперь, никто не знает. Полагаем, что такая пунктуация возможна и в Вашем предложении.