Правильно: имеет место (= наличествует) и имеет быть (= должен состояться). Оборот имеет место быть возможен в разговорной речи как контаминация двух названных выше выражений.
Варианты тоннель и туннель полностью равноправны. Выбор за Вами.
Непростой вопрос. Разговорный характер слова иначе, употребляемого в качетстве союза, был отмечен как в словаре под редакцией Д. Н. Ушакова (1930-е), в словаре С. И. Ожегова (1950-е), так и в словаре С. А. Кузнецова. Однако в "Большом универсальном словаре русского языка" В. В. Морковкина, Г. Ф. Богачевой, Н. М. Луцкой (2015) подобной пометы нет, из чего можно заключить, что союз иначе оценивается как вполне нормативный.
Предлог из-за стилистически нейтрален, употребляется в текстах любого типа. Предлог по причине употребляется в книжной речи, в официальных, научных текстах.
Фраза построена неверно. Правильно: Когда мы пришли домой, она готовила ужин.
Вряд ли нужны такие аргументы, тем более что это ложное утверждение.
Да, это пример метонимии. В разговорной речи такой оборот возможен.