Корректно с пробелом: 5 %-ный.
Как правило, обороты, присоединяемые предлогом помимо, обособляются. Запятые обычно ставятся, если предлог помимо употребляется в значении 'кроме, сверх'.
В таком предложении возможна двоякая пунктуация в зависимости от контекста. Если союз как передает значение «в качестве» (то есть инструкция указывает, как именно следует характеризовать эти часы), запятая перед ним не ставится. Если подразумевается, что эти часы нужно указать в столбце полностью потому, что они реализуются в форме практической подготовки, оборот с союзом как нужно отделить запятой.
Предложения что... пассажирам придётся идти пешком и что при плохих погодных условиях рейс выполняться не будет однородны (оба они относятся к глаголу предупредил). Наличие соотносительного то всего лишь мешает постановке запятой на месте (2).
Корректно: 4,8 рентгена.
Порядковое числительное рекомендуется оформлять с наращением: в 5-х классах.
