Правильно: кроме Таштагольского района. О склонении названий типа Кемерово, Белово см. в разделе «Азбучные истины».

Если речь идет о названиях заведений, то в этом случае любое из упомянутых словосочетаний выступает в качестве имени собственного. У имен собственных, как известно, особое смысловое назначение и особые функции в языке. Есть ли какие-либо основания говорить о прямом или переносном значении существительных лебедь или кот, если они отнесены к заведению?

Это предложения с однородными членами, у каждого из которых свой причастный оборот.

Первое сочетание: по... схемам (главных цепей), указанным в приложении 1. Второе: по... схемам (вспомогательных цепей), разработанным на основании согласованных с заводом типовых заданий.

Первый причастный оборот выделяется запятыми с двух сторон, поэтому указанная запятая нужна: Шкафы КРУ выполняются по типовым схемам главных цепей, указанным в приложении 1, и по типовым заводским схемам вспомогательных цепей, разработанным на основании согласованных с заводом типовых заданий.

Можно поставить как запятые, так и тире.

Трудность возникает в связи с тем, что необходимо определить: жертва – одушевленное или неодушевленное существительное? У одушевленных существительных во множественном числе винительный падеж совпадает с родительным, у неодушевленных – с именительным.

В справочнике Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской «Грамматическая правильность русской речи» указано, что у таких слов, как персонаж, существо, личность, создание, жертва и др., называющих лиц, отмечаются колебания по признаку отнесения к категории одушевленности/неодушевленности. Однако основная тенденция  здесь – употребление форм одушевленного существительного. Поэтому предпочтительно: снимали своих жертв.

Можем рекомендовать такие пособия:

1. Глазунова О. А. Грамматика русского языка в упражнениях и комментариях. Ч. 1. Морфология. СПб.:  Златоуст, 2012.
2. Глазунова О. А. Грамматика русского языка в упражнениях и комментариях. Ч. 2. Синтаксис. СПб.:  Златоуст, 2015.
3. Метс Н. А. Трудные аспекты русской грамматики для иностранцев. М.: ИКАР, 2014.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Возможно использование заглавной (прописной) буквы.