Верно: врио командира Иванову И. И. Падеж слова командир определяется при расшифровке: временно исполняющему обязанности (кого?) командира Иванову И. И.
Вы не нарушаете правила правописания, используя букву Ё регулярно. Так делают, например, авторы многих детских книг и книг для иностранцев, изучающих русский язык (буква Ё ставится, равно как и знак словесного ударения).
Указанная запятая нужна.
В начале предложения верно: И. о.
Да, нужна.
Первый вариант верен.
Это и паронимы, и омофоны.
В этом сложноподчиненном предложении запятая между частями не ставится, потому что перед подчинительным союзом когда стоит союз (частица) и. См. пункт а) параграфа 115 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
