Знаки препинания расставлены верно.

Да, сочетания, которые Вы приводите, можно считать канцеляризмами, однако в текстах официально-делового стиля они вполне уместны.

Корректно: Утвердить решение о предоставлении садоводческому некоммерческому товариществу «Ветеран-1» права пользования участком недр местного значения, расположенным на земельном участке с кадастровым номером 36:07:7004001:88 по адресу: Воронежская область, Верхнехавский район, СНТ «Ветеран-1».

Если всё перечисленное — закрепившиеся названия (официальные или неофициальные), то Вы написали верно. Кавычки в названиях не нужны. Уточненное на современном материале правило написания топонимов можно прочитать в журнале «Вопросы ономастики». 

Корректно с прописной: Машгородок.

Вы (как, впрочем, и большинство выпускников школы) не вполне верно трактуете понятие причастный оборот. Разумеется, причастный оборот ― это причастие с зависимыми словами, но само по себе наличие причастного оборота еще не повод для выделения его запятыми. Так, деепричасный оборот выделяется запятыми потому, что он имеет значение дополнительного действия. Причастный же оборот выделяется в тех случаях, когда он имеет значение акцентированного определения (например, стоит после определяемого слова, как в предложении Облака, летящие над землей, казались призраками его мечтаний, или имеет не только определительное, но и дополнительное обстоятельственное значение, как в предложении Скошенная с утра, трава уже к полудню сухо шуршала под ногами; см. правила обособления определений), и неважно, выражено такое определение причастием или прилагательным (ср.: Облака, прозрачные и прерывистые, казались призраками его мечтаний). В приведенном Вами примере внутри деепричастного оборота имется словосочетание молотые и обжаренные какао-бобы, в котором определение выражено причастиями, но условий для его обособления нет.  

Корректор прав. Кемерово – существительное среднего рода. Если существительное обозначает географический объект, то его род определяется родом слова, которое обозначает тип объекта (город, река, озеро и т. д.) – такое правило, действительно, существует, но касается только несклоняемых существительных (Тбилиси мужского рода, так как это город, Миссисипи женского рода, так как это река). Кемерово – изменяемое слово (в Кемерове, из Кемерова). Ср.: Москва – слово женского рода, хотя это тоже город.