Правильно в кавычках, со строчной буквы.

Пунктуационно верно: В связи с апгрейтом системных блоков у диспетчеров, просим Вас выслать нам новые коды активации и разблокировки для программы.

Логичным будет поставить точку после фрагмента кода: Откройте этот файл и введите следующее содержимое: def add_one(number): return number + 1. Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям. Если есть опасение, что читатель воспримет точку как элемент кода, а не знак конца предложения в тексте-инструкции, можно отвести фрагменту кода отдельную строку:

Откройте этот файл и введите следующее содержимое:
ef add_one(number): return number + 1
Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям.

Для Вашего случая рекомендаций в правилах орфографии и пунктуации нет. Справочники для издателей рекомендуют иностранные названия передавать средствами русской графики — транскрибировать, транслитерировать или переводить. Однако, на наш взгляд, в тексте программы по иностранному языку, адресованной исключительно специалистам, возможно написание тем на соответствующем иностранном языке. Если адресат программы шире, то название можно дублировать: давать и на иностранном языке, и в переводе. Обычно названия, набранные латиницей, кавычками не выделяются, так как латиница — достаточно сильное средство выделения в кириллическом тексте. Полагаем, что исключение могут составить те случаи, когда без кавычек границы названия неясны и когда нужно оформление названий сделать единообразным.

А кому адресовано письмо? Если подразумевается, что у него будет только один читатель, местоимение Вы корректно писать с большой буквы. Если же письмо адресовано многим читателям, вы следует писать с маленькой буквы по всему тексту.

Выражение настроить под себя широко используется, особенно в разговорной речи. Технические контексты — весьма распространенное «поле» применения этого оборота, отличающегося по своему значению от предложенных вариантов. Строго говоря, вопрос заключается не в общей стилистической оценке выражений настроить под себя, подобрать под себя, адаптировать под себя, а в том, уместны они или нет в конкретном высказывании (тексте). Как представляется, обсуждаемому высказыванию не свойственны приметы разговорности, а следовательно, сочетание под себя лучше заменить стилистически нейтральным. 

Пропущена не орфограмма, а буква. В слове фле́ксить корневой гласный находится под ударением, поэтому там нет никакой орфограммы.

Пунктуационных ошибок нет, но текст небезупречен: в нем много неудачных и неправильных формулировок. Заключительная фраза, на наш взгляд, при отказе неуместна. Рекомендуем текст переписать. 

Правильно со строчной буквы: Максим Ковтун: «...и проиграл Феодосию. Обидно!» Начинаются со строчной буквы цитаты с опущенными первыми словами начального предложения, стоящие в середине основного текста и начинающиеся именем нарицательным.