Первый вариант лучше.
Возможна постановка интонационно-логического тире.
Правильно: с окончанием срока действия договоров подряда (у договоров подряда один и тот же срок действия) и с окончанием сроков действия договоров подряда (сроки действия договоров разные).
Верно: на расстоянии 2 сантиметров. А лучше: на расстоянии двух сантиметров.
Оба сочетания возможны. Чтобы дать точный ответ, нужно знать контекст.
Возможны оба варианта.
Предпочтительно согласование в ед. ч.: в приложении содержится...
Корректно: клиент приходила, говорила (если нужно обязательно указать пол клиента).
Верно: три автономные некоммерческие организации.
Если родового слова нет, то правильны оба варианта, склоняемый и несклоняемый: в Жулебино и в Жулебине. Подробно см. в Письмовнике.