Определение накопившихся относится не непосредственно к существительному фактов, а к сочетанию причастного оборота и существительного, то есть к сочетанию экспериментально доказанных фактов. Случай аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

Корректны два варианта: 

• Она сидела и думала, с чем ей понравилось больше и могла ли она вообще выбрать.
• Она сидела и думала: с чем ей понравилось больше и могла ли она вообще выбрать?

Черева — это форма множественного числа от черево.

Корректно: В ответ на письмо В.М. Борисова и принимая во внимание письмо Ю.В. Александрова направляю Вам для подписания договор, скорректированный с учетом замечаний ранее перечисленных лиц.

Запятая после деепричастного оборота не ставится, так как деепричастный оборот выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством.

Верно: ...компании, такие как... Подробнее о пунктуации при словах такой как см. в «Справочнике по пунктуации».

1. Запятая нужна.

2. Правильно: ...являются изменения.

Междометия выделяются запятыми. Поэтому запятая нужна: Я плохо себя чувствовала, но, эй, разве я могла пропустить день рождения своей сестры?

Действительно, иногда имя, прозвище, определение создается из предложно-падежного или глагольного сочетания и, чтобы графически показать единство многословной номинации, слова соединяют дефисами. Однако это лишь художественный прием и орфографический эксперимент, в некоторых случаях оправданный большой длиной имени и необходимостью показать его правую границу. В широко известных руководствах по правописанию можно найти примеры оформления подобных имен: Петушок со шпорами, Некто в сером. В недавно вышедшей научной работе по правописанию в разделе о прописных и строчных буквах предложено правило для подобных названий, дефис в соответствии с орфографической традицией в них не используется: 

В именах персонажей, выраженных предложно-падежным сочетанием или глагольным сочетанием, с прописной буквы пишется только первое слово, напр.: Рике с хохолком, Кот в сапогах, Кот в шляпе, Некто в сером, Петушок со шпорами, Двое из ларца, одинаковых с лица, (лиса) Принеси огня. (Е. В. Арутюнова, Е. В. Бешенкова, О. Е. Иванова. Прописные и строчные буквы в собственных именах. Общеупотребительные графические сокращения. М., 2023.)