Оборот с предлогом в качестве не требует обособления, если только он не имеет дополнительного обстоятельственного значения, например: В качестве крупнейшей в мире нефтедобывающей страны, Россия существенно влияет на рынок нефти (= «поскольку она крупнейшая в мире нефтедобывающая страна»), но В качестве крупнейшей в мире нефтедобывающей страны Россия известна уже давно.

В этом предложении оборот с союзом как может быть понят как обычный сравнительный оборот: Она завернулась в плед, как [заворачивается в плед] королева. Но он может быть понять и как обстоятельство образа действия (=по-королевски), особенно если на него падает логическое ударение: Она завернулась в плед как королева [, а не как крестьянка].

Постановка/непостановка запятой в приведенном Вами предложении действительно зависит от того, как квалифицировать слово очевидно. Иначе говоря, при выделении запятыми оно будет воприниматься как вводное слово, выражающее некоторую неуверенность, а при невыделении — как наречие. Так что выбор за пишущим.

Запятыми разделены однородные обстоятельства образа действия: посмотрел (как?) сквозь ресницы, искоса.

Пунктуация зависит от того, является ли наречие скромно пояснением.

Это пояснение, если перед скромно можно подставить то есть: по-девичьи, то есть скромно, пожала плечами. Кроме того, скромно должно выделяться соответствующей интонацией.

Если такой интонации и значения пояснения нет, то запятая не требуется. По-девичьи является обстоятельством образа действия, которое относится к обстоятельству скромно.

Поскольку обстоятельства без очереди и в удобное вам время имеют разное значение (образа действия и времени соответственно), запятая между ними в общем случае не требуется. По решению автора обстоятельство в удобное вам время может принять характер добавочного сообщения, то есть стать присоединительной конструкцией: Вы посетите врача без очереди, [причём] в удобное вам время. 

В приведенных случаях приложения неоднородны: существительное депутат обозначает выборную должность в представительном органе власти и связанный с этой должностью статус лица, сочетания типа руководитель фракции или председатель комитета указывают на функции этого лица внутри представительного органа власти. Соответственно, запятая между приложениями не требуется: Председатель рабочей группы депутат И. И. Иванов сообщил, что...

Обороты с союзом как не выделяются запятыми, если оборот имеет значение образа действия. Обычно такие обороты можно заменить творительным падежом существительного или наречием, ср.: порхай бабочкой. Вот аналогичные примеры из полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006): Мы наступали. Сербы сражались как львы (ср.: по-львиному); Тропинка извивалась как змея (ср.: змеей).

Не обособляются деепричастия, которые являются обстоятельствами образа действия, напр.: Поезд шёл не останавливаясь («безостановочно»); Она говорила об этом улыбаясь («говорила с улыбкой»). В Вашем предложении-заголовке деепричастие не обозначает образ действия, оно указывает пусть и на парадоксальное по смыслу, но все же действие: хотя я ухожу, но при этом остаюсь. Так что запятую нужно поставить. 

Это сложносочиненное предложение, его вторая часть вводится вторым союзом и, поэтому запятая перед ним обязательна. Во второй части подлежащее все, а вместе — обстоятельство образа действия при сказуемом въехали. Правда, обстоятельство смещается влево, к подлежащему (его стандартная позиция не до, а после сказуемого), и создается впечатление, будто оно подчинено именно подлежащему. Но это только впечатление.