Вместо тире лучше поставить двоеточие.
Чередование есть. Гласная а появляется в глаголах с суффиксами -ивы-, -ыва-. Это явление описано в правилах о безударных гласных, см. «Орфографическое комментирование русского словаря».
Запятая перед тире нужна: она закрывает пояснительный оборот Мастер Йода.
Главный организатор мероприятия – подчинённый Ивана Ивановича дядя Вася.
Слова главным образом обычно не обособляются. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Да, распространенное приложение после имени собственного следует выделять запятыми: Доктор Дикуль, главный ортопед страны, сказал...
Запятая поставлена верно.
Корректно: Иван Иванов, депутат, главный директор ОАО «АВС», приветствовал собравшихся. Ряд депутат, главный директор ОАО «АВС» является поясняющим приложением к имени собственному Иван Иванов.
Знаки препинания расставлены верно.