Несмотря на то что — составной подчинительный союз. Если придаточная часть предшествует главной, он обычно не расчленяется, то есть запятая перед что не требуется, но она может быть поставлена, если автор намерен сделать акцент на слове то. В приведенном предложении знаки препинания расставлены верно.

Чисто в биологическом смысле, наверное, это слово может быть использовано - в соответствии со своим значением:

ПОПУЛЯЦИЯ, -и; ж. [от франц. population - население] Спец.
Длительно существующая совокупность особей одного вида животных или растений. П. котиков. П. грызунов. < Популяционный, -ая, -ое. П-ая генетика. П-ая экология.

Этот вопрос спорный. Запятую ставят, обосновывая ее влиянием европейской эпистолярной традиции или рассматривая этикетную формулу как сложное предложение с неполными частями, например такое: Пишу с уважением к Вам, я Иванов Иван. 

Однако есть и иная интерпретация, которой соответствует отсутствие запятой: С уважением к Вам пишет Иванов Иван.

Не совсем так. Глагол пригвоздить имеет форму 1-го лица пригвозжу, она отмечается словарями (см. ресурс «Проверка слова»). У глаголов победить и убедить образование формы 1-го лица, как пишет А. А. Зализняк в «Грамматическом словаре русского языка», затруднено. Многие другие словари эти формы не фиксируют (см. там же). 

В приведенных Вами примерах большая буква — также сигнал необычного значения. Для этой цели могут использоваться кавычки, однако при частом употреблении таких названий дополнительный двойной знак загромоздил бы текст. Выбрали более экономный способ, может быть зная о том, что в прошлом названия национальностей писали с большой буквы.

Это разные случаи. Охохонюшки пишется слитно, так как это новое слово, образованное от междометия ох-ох-ох при помощи суффикса.  Что касается протяжных гласных, то автор может использовать дефисы для обозначения протяжности гласных, как в слове Заму-у-учательно. Это делается для придания слову особой выразительности и для отражения особенностей произношения. 

При составных числительных, оканчивающихся на один, сказуемое, как правило, ставится в форме единственного числа. Однако контекстом может быть обусловлено и множественное число. В Вашем предложении глагол далеко отстоит от последнего компонента числительного-подлежащего, что препятствует их грамматическому согласованию, предпочтительно согласование по смыслу, то есть во множественном числе.

Слово ледни образовано от слова лед. В русских диалектах ледень — многозначное  существительное, может обозначать кусок льда, ледяшку, обледенелую дорогу или погреб со льдом. Сведения об этом слове можно найти в словарях диалектов, например, в «Словаре русских народных говоров», изданном в Институте лингвистических исследований РАН.

Какого — форма родительного падежа местоимения какой или какое, заменяющего полное прилагательное: Какого человека (слова) здесь не хватает? Каково — местоимение, заменяющее краткое прилагательное среднего рода: Каково расстояние между этими городами?; Она делится тем, каково это — быть директором. Кроме того, слово каково может быть наречием.

Так сложилось исторически, такова литературная норма. Русское ударение подвижное и разноместное, в разных словах (и даже формах одного слова) может падать на разные слоги. Аналогии и рассуждения «если правильно... то должно быть ...» к ударению в русском языке неприменимы, в спорных случаях надо обращаться к орфоэпическим словарям.