Союз а также придаёт добавочный характер последнему члену ряда. Указанная Вами формулировка предполагает отнесение к служебной информации ограниченного распространения несекретной информации двух типов: 1) такой, которая касается деятельности организаций и ограничения на распространение которой диктуются служебной необходимостью; 2) такой, которая поступила в организации и доступ к которой ограничен в соответствии с федеральными законами.
Вы правы, запятая здесь не нужна. Обстоятельственные обороты, начинающиеся конструкцией «по + имя существительное в предложном падеже» и обозначающие действие, событие, после которого что-либо происходит (по завершении... по истечении... по окончании... по прошествии...), обычно не обособляются. Но запятые ставятся, если оборот носит характер уточнения, пояснения (часто при употреблении после слов «потом», «теперь» и др.), ср.: потом, по завершении измерений, ...
Слово естественно-научный образовано от основ, отношение между которыми носит подчинительный характер (естественные науки), но пишется через дефис. Это далеко не единственное исключение из правила (но, если можно так выразиться, самое «раскрученное»), ср.: гражданско-правовой (хотя гражданское право), уголовно-процессуальный (хотя уголовный процесс), лечебно-физкультурный (хотя лечебная физкультура). Дефисному написанию таких слов способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных (-н-, -енн-, -ск-).
Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.
Сидеть и ничего не делать — инфинитивные определения (к существительному наклонности), которые приобретают характер вставной конструкции с уточняюще-разъяснительным значением. Они выделяются с двух сторон тире: Его всегда мои йоговские наклонности — сидеть и ничего не делать — утомляли. (См. параграф 60 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.)
Правильно раздельное написание: условно заменимые аминокислоты. В данном случае перед нами не слово, а словосочетание: заменимые (как?) условно.
Пишутся слитно прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, напр.: железнодорожный (железная дорога), каменноугольный (каменный уголь), сельскохозяйственный. Пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия, напр.: выпукло-вогнутый, садово-огородный, научно-технический, общественно-политический,
В таких случаях всё зависит от общего контекста и связанного с ним авторского замысла. Обособление имени собственного придает ему характер попутного замечания. Так, в предложении Жена Михея, Дарья, жила с нашей матерью на квартире хозяина Михея обособление имени собственного Дарья показывает, что имя жены Михея совершенно неважно для общего понимания ситуации. То же и в других приведенных примерах.
Нераспространенные определения, тем более образующие один ряд с распространенным (причастным оборотом), обособляются, если стоят после определяемого имени существительного, которое уже имеет определение, т. е. относятся к словосочетанию (здесь — моё родное поле); эти определения носят уточняющий характер. Добавим, что вместо звпятой может быть поставлено тире: Это было моё родное поле — исхоженное, изъезженное, перепаханное тысячи раз...
Глагол придать употребляется с последующей формой родительного падежа в значении "усилить что-либо, добавить чего-либо": придать храбрости. В значении "дать что-либо дополнительно" используется винительный падеж. Таким образом, "дать дополнительный объем" - придать объем.
Кроме этого, глагол придать используется с формами только винительного падежа следующих существительных: 1) вид, форма, облик и т. п. (в значении "сделать каким-либо по виду, по характеру"); 2) значение, смысл, важность, цена ("отнестись к чему-либо так или иначе"): придавать большое значение чему-либо (но при отрицании: не придавать значения).
Если говорить о пунктуации, возможны два варианта: Никаких кулаков в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было и Никаких кулаков, в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было. Второй вариант следует выбрать, если слова в том понимании, какое описывалось в литературе имеют характер попутного замечания, дополнительных сведений.
Но плохо: «понимание... описывалось в литературе». Попробуйте перестроить фразу.
