1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

В этих случаях постановка запятых факультативна и зависит от того, что́ автор хочет акцентировать. Сравним подобные примеры, допускающие двоякое прочтение, в учебном пособии А. Ф. Прияткиной «Русский язык: Синтаксис осложненного предложения» (М., 1990): Это случилось в одной гористой местности (,) на юге Италии; На берегах этих рек (,) в глубоких норах (,) живут водяные крысы (с. 75).

См. также ответ на вопрос 318421.

Лучше поставить двоеточие.

Бери три литра, плати за два.

По основному правилу первое тире не требуется, так как сказуемое выражено прилагательным. Второе тире ставится на месте пропущенного слова белки: Фибриллярные белки нитевидные, а глобулярные — шаровидные.

Первое тире допускается поставить как интонационное.

Дело в том, что в некоторых изданиях справочника Розенталя аббревиатурные названия марок самолетов рекомендуется писать в кавычках. Так что единой позиции по этому вопросу в справочной литературе нет. Но мы согласны с тем, что современной письменной норме более соответствует написание без кавычек.

В научно-технических документах часы записываются двумя цифрами, поэтому правильно: с 09:00 до 12:00, 00:00. В других текстах формат записи с двоеточием не рекомендуется. 

В современном русском литературном языке правильно: прийти. Это написание было установлено официально действующими сейчас «Правилами русской орфографии и пунктуации» 1956 года, поэтому в книгах, изданных до 1956 года, можно встретить варианты притти и придти. Сейчас такое написание расценивается как ошибочное.