В предложении три обстоятельства образа действия: открыто, в одиночку и не страшась. Они однородны и должны быть отделены друг от друга знаками препинания. При этом, поскольку два последних обстоятельства отделены от первого другими словами (сочетанием против врагов), они образуют особую группу, которую уместно оформить как присоединительную конструкцию: Он вышел открыто против врагов — в одиночку, не страшась.

Знаки препинания расставлены верно: О том, как отразилось в организме новотельных коров вскармливание им в сухостойный период добавки «Танамин Zn», включающей в себя лизин, метионин, хелатное соединение цинка и экстракт древесины сладкого каштана, можно судить по материалам, изложенным в данном разделе.

Запятая перед словом как разделяет части сложного предложения; запятая перед словом изложенным выделяет причастный оборот.

Всё зависит от того, какова структура предложения, фрагмент которого приведен. Сравним: 1) Научный руководитель — И. И. Иванов, доктор филологических наук, профессор кафедры русского языка (тире между подлежащим и сказуемым-существительным); 2) Научный руководитель И. И. Иванов, доктор филологических наук, профессор кафедры русского языка, заявил... (приложение, стоящее перед именем собственным, не отделяется от него знаками препинания).

КАК НИ В ЧЁМ НЕ БЫВАЛО, наречное выражение

Не требует постановки знаков препинания.

Он буквально расцвел на глазах и уже через два-три часа как ни в чём не бывало принимал гостей. А. и Б. Стругацкие, Жук в муравейнике. Генерал в разорванном мундире приблизился к императору и как ни в чём не бывало продолжал докладывать с прерванного места... Б. Окуджава, Свидание с Бонапартом.

В данном случае для постановки запятой нет оснований. Чаще всего запятые ставятся по своим правилам, а тире ─ по своим. В редких случаях наличие тире «отменяет» постановку запятой. Однако каждый из знаков препинания в предложении должен быть оправдан правилами пунктуации.

О современной пунктуации читайте в справочниках, один из них: полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Ввиду того что – составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но чаще расчленяется (в этом случае запятая ставится между частями союза, перед словом «что»). Окончательное решение принимает автор текста, поэтому даже в однотипных предложениях, написанных разными людьми, пунктуация может различаться. О некоторых факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в «Справочнике по пунктуации».

Запятая ставится перед тире, если того требует структура предложения.

Запятая и тире в качестве единого знака препинания могут ставиться в сложноподчиненных предложениях, бессоюзных сложных предложениях, между частями сложносочиненных предложений, а также в периоде (как правило, многочленном сложном предложении, в интонационном отношении распадающемся на две части — повышение и понижение). Подробно об этом рассказывается в соответствующих разделах «Справочника по русскому языку» Д. Э. Розенталя.

Вот что написано в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой в параграфе «Знак сноски в сочетании с точкой как знаком сокращения»: «В этом случае знак сноски ставят после точки как знака сокращения и опускают точку как знак препинания в конце предложения». Правильно, таким образом: ...несговорчивыми и т. д.34 Также: ...несговорчивыми и т. д.34 35 36 37 38

Корректно: Я считаю, что, несомненно, расследовать надо.

Это предложение нельзя назвать предложением с пропущенным компонентом. Расставляя в нем знаки препинания, необходимо сначала определить структуру предложения «на макроуровне»: простое оно или сложное? Предложение сложноподчиненное, части соединяются союзом что. Перед союзом ставим запятую. Далее рассматривается каждая часть отдельно. Первая ничем не осложнена – знаки внутри ее не нужны. Вторая содержит вводное слово несомненно. Оно требует обособления.

Для вводных слов, стоящих в начале или в конце обособленного оборота, действительно есть особое правило. Оно изложено в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). По этому правилу знаки препинания в предложении должны быть расставлены так, как в материалах, на которые Вы ссылаетесь: Посреди поляны росло большое дерево, судя по всему вяз.