В большинстве случаев слова конечно же выделяются запятыми. Однако, как указывает справочник по пунктуации Д. Э. Розенталя, «иногда слово конечно, произносимое тоном уверенности, убежденности, приобретает значение утвердительной частицы и пунктуационно не выделяется: Конечно правда! Конечно же это так». В данном случае, на наш взгляд, лучше поставить запятую: Конечно же, возникают проблемы.

Слово включено в «Словарь новейших иностранных слов» Е. Н. Шагаловой, там оно дано в написании через дефис. Слово плохо освоено, поэтому предпочтительно написание через дефис, которое более отчетливо отражает структуру наименования. Можно, кроме того, воспользоваться аналогией с кодифицированным написанием слова биг-эйр. Но лучше всего писать: (концерт, фестиваль) на открытом воздухе.

Да, рекомендации в словарях и энциклопедиях разнятся. Представляется разумным такой подход. Кавычки ставятся с целью предупредить неверное понимание слова, поэтому, если из контекста понятно, что речь идет о заболевании, кавычки можно смело опустить: эпидемия испанки. Если же контекст допускает разные толкования (например: в этой статье автор рассказывает об испанке), кавычки лучше поставить, они снимут неоднозначность.

Использование таких сочетаний в газетном тексте – это уже не ситуация официального употребления (если только в газете не приводится полный текст указа, закона и т. п.). А значит, в тех случаях, когда официальное написание противоречит орфографическим правилам, в газетных статьях лучше писать с соблюдением этих правил. Например: Государственная Дума (официальное употребление) и Государственная дума (в газете).

В письменной речи такие предложения нежелательны. Нужно не расставлять в них знаки, а перестроить их. Возможны разные варианты, например:

Существует вещество, которое очищает воздух. 

Существует вещество, которое добавляют в воздух, в результате чего он очищается.

Если непременно нужно записать приведенные Вами разговорные фразы без изменений, то лучше перед союзами и поставить вместо запятых тире.