Все слова пишутся с маленькой буквы: вторая чеченская война, поскольку это неофициальное название вооруженного конфликта.
Запятая поставлена верно.
Следует склонять обе части этого составного существительного.
В профессиональном употреблении появились своего рода неизменяемые слова-морфемы, вокруг которых группируются серии составных наименований. Основные из них: альфа- (-активность, волны), блок- (-карта, -сигнал, -форма), вакуум- (-аппарат, -камера, -процесс), дизель- (-генератор, -мотор), пресс- (-инструмент, -накат).
Корректно раздельное написание. О некоторых тонкостях читайте здесь.
В зависимости от интонации следует поставить запятую или тире.
Запятая нужна. В справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» указано: «Запятыми выделяются или отделяются сравнительные обороты с союзом как в следующих случаях: <...> 2) если в основной части предложения имеется указательное слово (так, такой, тот, столь)».
