Пунктуация верна. Вместо первой запятой можно поставить точку с запятой.

Это противоречие родом из прежних времен, когда по идеологическим причинам названия органов власти, политических партий и т. д. зарубежных стран писались строчными буквами, а аналогичные названия, относящиеся к СССР, – с прописных.

Этимологически имена Никита и Николай, действительно, родственные: Никита – от греческого никетас 'победитель', Николай – от греческого Николаос от никао 'побеждать' и лаос 'народ' – другими словами, оба имени восходят в конечном итоге к одному и тому же греческому корню нике 'победа', никао 'побеждать'. Однако в современном русском языке Никита и Николай – два совершенно разных имени, а Никитич и Николаевич – соответственно разные отчества, называть Никитича Николаевичем (и наоборот) нельзя. Что касается замены отчества – она возможна только в порядке, установленном законодательством Российской Федерации (любое лицо, достигшее 14-летнего возраста, вправе переменить фамилию, имя и / или отчество, обратившись в органы записи актов гражданского состояния).

Корректно: в Швейцарских Альпах (так как это официальное название региона). В остальных случаях корректна строчная буква: турецкий Стамбул, австрийский Зальбург и т. п. 

Сочетания свитер с узором, свитер с миксом узоров вполне корректны. 

Рекомендуемый вариант:

В гимне Российской Федерации причудливым образом переплетены политические идеологии:
- социализма, с его опорой на равенство людей и народов («Широкий простор для мечты и для жизни» и «Братских народов союз вековой»),
- либерализма, с его опорой на свободу («Славься, Отечество наше свободное»),
- консерватизма, с его опорой на традиции («Могучая воля, великая слава», «Предками данная мудрость народная»),
— и религиозная идеология «священности» и «хранимости Богом». Все они в совокупности связывают между собой личность и общество в концепции служения Родине, когда «нам силу даёт наша верность Отчизне».

Правильно: за передачу (чего?) фотоальбомов.

Обратите внимание на лишнюю запятую после КГМА и употребление прописных и строчных букв: с прописной буквы пишется только первое слово в названии организации и входящие в состав названия имена собственные: Кыргызская государственная медицинская академия им. Ахунбаева выражает искреннюю благодарность вам и коллективу Оренбургского государственного медицинского университета за передачу в дар музею истории КГМА фотоальбомов выпускников...

Не вполне понятно также, о каких годах идет речь. Выпускников 1949 и 1950 годов? Выпускников 1940-х — 1950-х годов?

Правильнее всего поставить двоеточие, так как во второй части предложения указана причина того, о чем сказано в первой части: Мы не знали, сколько городов он объехал и каковы были его заработки: от него долго не было ни слуху ни духу. В публицистических и художественных текстах двоеточие часто заменяет тире – тогда в данном предложении следует писать: Мы не знали, сколько городов он объехал и каковы были его заработки, – от него долго не было ни слуху ни духу. (Запятая в конце придаточного предложения сохраняется.)