Поскольку обстоятельства без очереди и в удобное вам время имеют разное значение (образа действия и времени соответственно), запятая между ними в общем случае не требуется. По решению автора обстоятельство в удобное вам время может принять характер добавочного сообщения, то есть стать присоединительной конструкцией: Вы посетите врача без очереди, [причём] в удобное вам время.
Оба варианта корректны, сравним: в ходе круглого стола выступили эксперты и на круглом столе выступили эксперты. При этом предлог в ходе «указывает на какое-либо достаточно продолжительное и/или сложное дело», то есть подчеркивает процессуальный характер события. Предлог на просто указывает на событие, ничего не говоря о его процессуальности или других свойствах.
Правилам соответствуют написания прилагательных обыденно-эмпирический и частнонаучный: первое из них образовано от слов, обозначающих равноправные понятия (обыденный и эмпирический), второе — от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки). О написании прилагательного естественно-научный см. комментарий на орфографическом академическом ресурсе «Академос». По аналогии с естественно-научным закономерно и написание естественно-природный.
Названия, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, при употреблении без родового слова можно склонять (живу в Достоеве) и не склонять (живу в Достоево). Но склоняемый и несклоняемый варианты не равноправны. Первый соответствует строгой литературной норме и рекомендуется, например, для речи дикторов. Второй носит характер допустимого (т. е. не ошибка, но и не образцовое употребление).
Если пишущий решил поставить логическое ударение на сочетании автор предложенного текста, а имени собственному придать уточняющий характер, то это имя собственное нужно обособить с помощью тире или запятой (см. пункт 2 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). В общем случае обособление не нужно (см. пункт 1 того же параграфа).
Определительный оборот, стоящий после определительных, указательных и притяжательных местоимений (в том числе после местоимения всё), обычно тесно примыкает к ним и запятой не отделяется. Но запятая всё-таки возможна: если определительный оборот имеет характер пояснения или уточнения, то он обособляется. Поэтому окончательное решение здесь – за автором текста. У А. П. Чехова запятая в этом предложении стоит.
Условия обязательного обособления оборотов со значением включения, к которым относятся и обороты с предлогом вместе с, перечислены в параграфе 78 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. В приведенном предложении нет этих условий, однако при желании автора придать обороту характер попутного замечания этот оборот может быть обособлен.
1. Запятые нужны, так как части после союза и представляют собой неполные предложения: Ваш успех можно объяснить только удачей, и больше ничем [нельзя объяснить]; Я не умру, пока не посажу тебя, и тебя тоже [посажу] (слово тоже, употребленное в качестве конкретизатора союза и, придает последней части присоединительный, факультативный характер).
2. Между инициалами действительно необходим пробел.
В конструкциях типа О, О или О запятая может соответствовать логическому или. Ср., например: Особенно если ты великий композитор, физик-теоретик, лодочник или конюх (Д. В. Драгунский). Обычно характер сочинительных отношений между однородными членами проясняется в контексте. В случае необходимости следует использовать дополнительные средства выражения того или иного смысла, например повторяющиеся разделительные союзы или… или.
К сожалению, на "синхронном" уровне выявить беглую гласную в корне слова иностранные студенты могут, только обратившись к словарю. Беглая гласная О характерна для слов, пришедших из древнерусского языка (т. е. для весьма значительной, подавляющей части исконно русских слов), и нехарактерна для "новых" и заимствованных слов (например, слово бифидок склоняется без выпадения гласной, слово альпеншток - также). Беглую гласную Е можно обнаружить в некоторых суффиксах, например -ЕК (замочек - замочка). Беглыми в русском языке бывают только гласные Е и О.