Да, неприятная ситуация... А нет возможности воспользоваться другой компьютерной программой, которая не расставляет автоматически падежи? Учителям можно предъявить печатное издание – например, «Словарь русских личных имен» А. В. Суперанской (хочется надеяться, что учителям русского языка знакома эта фамилия), на последних страницах которого (в изданиях 2004, 2006 г. и др.) приведены правила склонения имен, отчеств и фамилий.

Сочетание чн, как правило, произносится в соответствии с написанием, т. е. [чн]: то[чн]ый, про[чн]ый, поро[чн]ый, Мле[чн]ый путь и т. д.

Однако в некоторых словах чн произносится как [шн]. Вот самые частотные слова, где произносится [шн]: конечно – коне[шн]о, скучно – ску[шн]о, нарочно – наро[шн]о, яичница – яи[шн]ица, пустячный – пустя[шн]ый, скворечник – скворе[шн]ик. Произношение этих слов нужно запомнить. Кроме того, [шн] на месте чн произносится в женских отчествах на -ична: Никити[шн]а, Ильини[шн]а. В некоторых словах возможны варианты: булочная – було[чн]ая и було[шн]ая, прачечная – праче[чн]ая и праче[шн]ая.

Необходимо отметить, что в русском языке наблюдается тенденция к замене произношения [шн] произношением [чн]. Число слов, где чн произносится как [шн], неуклонно сокращается. Раньше говорили кори[шн]евый (сейчас такое произношение уже не допускается), моло[шн]ый, гре[шн]евая (каша), сливо[шн]ый (сейчас такое произношение признается устаревшим, но пока еще допустимым). В новых словах на месте чн произносится только [чн].

Сочетание чт всегда произносится в соответствии с написанием, т. е. [чт]. И только в слове что и производных от него (чтобы, кое-что, что-то, ничто и т. д.) произносится [шт]. Исключение из этого исключения – слово нечто, где произносится [чт].

Ваш вопрос можно разбить на несколько вопросов, каждый из которых требует ответа.

1. Список Минобрнауки со временем может (и должен) быть расширен, ибо сейчас в нем нет (вопреки названию) ни справочников, ни грамматик, а есть только 4 словаря, выпущенные к тому же одним издательством. В этом перечне отсутствуют многие авторитетные академические словари, что вовсе не делает эти издания ненужными и не заслуживающими доверия. «Толковый словарь русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой (если о нем речь в Вашем вопросе) не нуждается в каких-либо представлениях и рекомендациях, это один из лучших словарей русского языка, к которому можно обращаться и на который можно ссылаться.

2. Орфографию нужно проверять по орфографическим словарям; словарь, о котором мы говорили выше, – толковый. А вот к современным изданиям, выходящим под названием «Орфографический словарь под ред. Ожегова», надо подходить с максимальной осторожностью, надежными справочниками по современному русскому языку они служить не могут. Подробнее об этом см. в ответе на вопрос № 258989.

3. Написание буквы Ё регулируется правилами русского правописания. В соответствии с ними буква Ё пишется в 3 случаях: 1) когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, например: узнаём в отличие от узнаем; всё в отличие от все; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное), сюда же относится Ё в именах, отчествах, фамилиях людей: Чернышёв – Чернышев; 2) когда надо указать произношение малоизвестного слова, например: река Олёкма; 3) в cпециальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языкa, учебниках орфоэпии и т. п., а также в словарях для указания места ударения и правильного произношения. В остальных случаях написание Ё факультативно (необязательно).

Если соответствующие сведения представлены в табличном формате, то знаки препинания не используются. Если же сведения пишутся "в строку", то нужны все знаки препинания, соответствующие строю предложения.

"Поехал на год" - это эллиптическая (свернутая) конструкция: поехал и пробыл там год. Утверждение о том, что "мы всегда используем глаголы несовершенного вида" не вполне корректно; так, для указания на длительность чего-либо можно использовать приставочные глаголы совершенного вида: пробыл год, проездил целую неделю, отучился пять лет и т. д.

Оснований для постановки запятой в данном случае нет.

Рекомендация, данная в словаре личных имён В. А. Суперанской, справедлива для случая, когда оглы пишется через дефис. В ситуации раздельного написания (именно такая обновлённая рекомендация представлена на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН) склонять стоит каждую изменяемую часть имени, оглы при этом не изменяется. Компонент ага рекомендуется писать через дефис и не склонять.