Очевидно, программа пытается связать существительное остановки с ближайшим к нему предлогом для, не «понимая», что этот предлог находится внутри распространенного определения обязательных для данного маршрута (и, соответственно, относится к существительному маршрут) и что существительное остановки связано с предлогом на.

Правильно: Рассказывает бог знает что. В устойчивых сочетаниях, употребляющихся в разговорной речи вне прямой связи с религией, рекомендуется писать бог (а также господь) со строчной буквы. Для постановки запятой перед сочетанием бог знает что или внутри него нет оснований.

Возможны варианты: на автобусе и в автобусе. Конструкции с предлогом на употребляются для подчеркивания способа передвижения (добирался до работы на автобусе), тогда как сочетания с предлогом в обращают внимание на нахождение внутри данного средства передвижения (в автобусе было душно).

Кавычки одного рисунка рядом не повторяются. В соответствии с правилами употребления кавычек внутри других кавычек верным следовало бы признать написание «"Юнона" и "Авось"», но такое орфографическое оформление (вследствие перегруженности кавычками) практически не встречается. Корректный вариант: «Юнона» и «Авось». 

Можем предположить, что авторы «Правил» использовали предлог на, поскольку правила регулируют поведение не только внутри транспортных средств (в этом случае нужно было использовать предлог в), но и на связанных с транспортом объектах: остановках, переходах и т. п.

Вы составили сложноподчиненное предложение с придаточным (с чего следует начинать общение с любым контролёром) внутри главного (Самое главное правило — это ваше требование показать его удостоверение!). Придаточное в этой позиции требует выделения запятыми. 

Обратите внимание: предложение построено неудачно, его нужно переформулировать.

Если название организации заключается в кавычки, то кавычки сохраняются и в том случае, если название оказывается внутри прямой речи (предпочтительно при этом использовать кавычки разного рисунка). Например: «Я люблю останавливаться в гостинице "Россия"», — сказал он. 

В этом сложноподчиненном предложении слово что является союзным словом — частью сочетания что такое, с помощью которого придаточная часть присоединяется к главной. Придаточная часть внутри главной выделяется запятыми. В составе придаточной части сочетание что такое играет роль сказуемого при подлежащем лето.

Пунктуационная ситуация, о которой Вы спрашиваете, в правилах не описана. Если союз или используется для связи слов внутри однородных компонентов предложения, в свою очередь связанных союзом либо, то, на наш взгляд, лучше запятую перед либо поставить. Это позволит читателю безошибочно воспринять смысл фразы.  

Запятая не нужна. Ни тот ни другой – устойчивый оборот с повторяющимся союзом, внутри таких конструкций запятая не ставится. Ср.: и день и ночь; и смех и горе; и стар и млад; и так и этак; и там и сям; и туда и сюда.