Для обоснованного ответа на вопрос нужно знать предыдущий контекст предложения.
Если автор относит союз чтобы не только к части у каждого сотрудника были все необходимые права для работы, но и к части ничего лишнего, то запятая не нужна. Оценить уместность такого понимания можно только с учетом контекста.
В этом случае запутанно является кратким прилагательным, о чем говорит его связь с помощью сочинительного союза с кратким прилагательным сложно. Краткие формы прилагательных, совпадающих по форме со страдательными причастиями прошедшего времени глаголов совершенного вида, пишутся с нн: В отношениях с любимыми всё так сложно и запутанно.
Запятая не нужна.
Запятая перед как нужна.
Запятая не требуется, так как пусть относится к обеим частям предложения.
Да, правильно слитное написание.
Запятая нужна.
Пишется две Н (в причастии, образованном от приставочного глагола).
При такой пунктуации союз что не нужен (слово похоже выступает как вводное). А если убрать первую запятую (после и), то союз что можно оставить.
