Запятая нужна, слово конечно здесь вводное, выражающее подчеркнутую уверенность.

Возможны варианты написания: в большинстве случаев - слитно, при противопоставлении, подчеркнутом отрицании - раздельно.

1. Оба варианта верны: в отношении его и в отношении него. Выбираете Вы.

2. Не видим подчеркнутых вариантов.

В контексте первой части, представляющей собой предложение с подчеркнутым отрицанием (ни одного), верно раздельное написание прилагательного: не ясны.

В данном случае возможны как слитное, так и раздельное написание наречия. Хотя логически подчеркнутое отрицание подразумевает раздельное написание.

Выделение корня в слове подвергнуть зависит от научного подхода к свободным и связанным корням.

Свободными называются корни, которые могут употребляться без сопровождения словообразовательных аффиксов. Свободные корни совпадают с непроизводной основой слова. Например, свободными являются корни окн-, бег-, прав-; они встречаются как в сопровождении аффиксов в составе производных основ (подоконник, побег, направо), так и сами по себе в составе непроизводной основы (окно, бег, правый).

Корни, которые не могут употребляться без сопровождения словообразовательных аффиксов, называются связанными. Например, связанными являются корни ул-, изол-, слад-; они встречаются только в сочетании со словообразовательными аффиксами (уличный, улица, переулок; изоляция, изолировать, изоляционный; сладость, сладкий, услада).

В слове подвергнуть корень является связанным. А. Н. Тихонов считает слова со связанными корнями непроизводными, так как они, в отличие от свободных корней, не имеют производящих, несмотря на наличие словообразовательных аффиксов. Соответственно, по А. Н. Тихонову, слово подвергнуть является непроизводным и имеет корень подверг-.

Возможность вычленения связанных корней была обоснована Е. А. Земской, по мнению которой связанный корень выделяется в тех случаях, когда слово с таким корнем входит в двойные ряды соотношений: в ряд слов с тем же корнем и в ряд слов с тем же аффиксом. Если пользоваться этим критерием, в слове подвергнуть вычленяется корень верг-.

После придаточной части, стоящей перед главной, тире возможно. Однако такое тире ставится при особом, интонационно подчеркнутом разделении частей предложения. 

Слово скрещивающиеся является сказуемым. Тире перед сказуемым, выраженным прилагательным или причастием, по общему правилу не ставится, но оно возможно при подчеркнутом логическом или интонационном членении предложения.

В этом случае заметно — слово категории состояния (предикатив, предикативное наречие). Отрицание при таких словах часто является подчеркнутым, что предполагает раздельное написание не: самолетов не видно, не слышно, не заметно.

Слово боль обычно употребляется в формах единственного числа. В форме множественного числа оно получает дополнительное значение подчеркнутой длительности (ср., например, страдание и страдания). Таким образом, предложения типа у пациента головные боли обозначают неоднократные длительные болезненные состояния.